SUN-011 Identification Of Regulators Of Estrogenic Signalling In ER-positive Breast Cancer Cells By Whole Genome shRNA Screening
Notice bibliographique
Résumé
Over 70% of breast tumours express estrogen receptor alpha (ERα), a ligand-inducible transcription factor. Stimulation with estradiol leads to receptor binding to estrogen response elements (EREs) in target genes regulatory sequences in association with transcriptional cofactors. This results in altered gene expression, increased cell proliferation and accelerated tumour growth. To systematically identify genes contributing to ERα expression and signalling in breast cancer, we performed a genome-wide screen in human ERα+ luminal breast cancer cell lines stably expressing estrogen-induced luciferase reporters using an arrayed format. A primary screen (Sigma Mission lentiviral library, 16083 genes, three shRNA/gene) and secondary screens (615 genes identified as hits by at least two shRNAs with concordant impact on reporter gene expression without major effects on cell survival) were carried out using estrogen-sensitive cells (T47D-ERE3-Luc, MCF-7-ERE-Luc) and insensitive controls (antioxidant response reporter T47D-ARE-Luc). We ultimately characterized by RNASeq the impact of suppressing expression of each of 30 prioritized hits (2-3 shRNAs with >50% reduction of RNA levels per hit) on gene expression in ERα+ breast cancer cells. Knockdown of several of these hits had extensive impacts on expression of direct estrogen target genes and on ERα+ breast cancer cell proliferation. Some hits regulated ERα gene expression and several interacted with ERα in co-IP experiments, indicating roles as upstream regulators and/or transcriptional cofactors of ERα.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».