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Enregistrement W2944068250 · doi:10.1186/s40425-019-0544-x

Immune-enrichment of non-small cell lung cancer baseline biopsies for multiplex profiling define prognostic immune checkpoint combinations for patient stratification

2019· article· en· W2944068250 sur OpenAlexafffund
Anne Monette, Derek Bergeron, Amira Ben Amor, Liliane Meunier, Christine Caron, Anne‐Marie Mes‐Masson, Nidhameddine Kchir, Kamel Hamzaoui, Igor Jurišica, Réjean Lapointe

Notice bibliographique

RevueJournal for ImmunoTherapy of Cancer · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCancer Immunotherapy and Biomarkers
Établissements canadiensKrembil FoundationUniversité de MontréalInstitute for Research in Immunology and CancerMcGill UniversityCentre Hospitalier de l’Université de Montréal
Organismes subventionnairesFonds de Recherche du Québec - SantéNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaMitacsCanadian Cancer Society Research InstituteInstitute of Cancer ResearchInstitut Du Cancer de MontréalTerry Fox Research InstituteCanada Foundation for Innovation
Mots-clésMultiplexMedicineImmune systemImmune checkpointProfiling (computer programming)Lung cancerOncologyRisk stratificationImmunologyImmunotherapyInternal medicineBioinformaticsBiologyComputer science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Permanence of front-line management of lung cancer by immunotherapies requires predictive companion diagnostics identifying immune-checkpoints at baseline, challenged by the size and heterogeneity of biopsy specimens. METHODS: An innovative, tumor heterogeneity reducing, immune-enriched tissue microarray was constructed from baseline biopsies, and multiplex immunofluorescence was used to profile 25 immune-checkpoints and immune-antigens. RESULTS: Multiple immune-checkpoints were ranked, correlated with antigen presenting and cytotoxic effector lymphocyte activity, and were reduced with advancing disease. Immune-checkpoint combinations on TILs were associated with a marked survival advantage. Conserved combinations validated on more than 11,000 lung, breast, gastric and ovarian cancer patients demonstrate the feasibility of pan-cancer companion diagnostics. CONCLUSIONS: In this hypothesis-generating study, deepening our understanding of immune-checkpoint biology, comprehensive protein-protein interaction and pathway mapping revealed that redundant immune-checkpoint interactors associate with positive outcomes, providing new avenues for the deciphering of molecular mechanisms behind effects of immunotherapeutic agents targeting immune-checkpoints analyzed.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,045
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,311
Écart entre enseignants0,294 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations12
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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