A strain comparison of Campylobacter isolated from retail poultry and human clinical cases in Atlantic Canada
Notice bibliographique
Résumé
Campylobacter is the leading cause of food-borne bacterial disease in Canada and many developed countries. One of the most common sources of human campylobacteriosis is considered to be the consumption or handling of raw or undercooked poultry. To date, few Canadian studies have investigated both the prevalence of Campylobacter on retail poultry and its potential impact on human clinical cases. The objective of this study was to evaluate the prevalence of Campylobacter spp. at the retail level and the correlation between subtypes recovered from chicken and those recovered from human clinical cases within the province of Nova Scotia, Canada. From this study 354 human clinical isolates were obtained from provincial hospital laboratories and a total of 480 packages of raw poultry cuts were sampled from retail outlets, yielding 312 isolates (65%), of all which were subtyped using comparative genomic fingerprinting (CGF). Of the 312 chicken isolates, the majority of isolates were C. jejuni (91.7%), followed by C. coli (7.7%) and C. lari (0.6%). Using CGF to subtype C. jejuni and C. coli isolates, 99 and 152 subtypes were recovered from chicken and clinical cases, respectively. The most prevalent human and chicken subtypes found in NS are similar to those observed nationally; indicating that the Campylobacter from this study appear to reflect of the profile of Campylobacter subtypes circulating nationally. Of the subtypes observed, only 36 subtypes were common between the two groups, however, these subtypes represented 48.3% of the clinical isolates collected. The findings from this study provides evidence that in Nova Scotia, retail poultry can act as a reservoir for Campylobacter subtypes that have been implicated in human illness.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».