Comparing genotype and chemotype of Fusarium graminearum from cereals in Ontario, Canada
Notice bibliographique
Résumé
Fusarium graminearum is responsible for production of the mycotoxin deoxynivalenol (DON) on maize and wheat in Ontario, Canada. It has been understood since the early 1980s that in most parts of Canada, the predominant chemotype of F. graminearum is 15ADON, and not the 3ADON chemotype mainly found in Europe and Asia. The discovery of F. graminearum strains that did not produce DON but the structurally related 7-α hydroxy, 15-deacetylcalonectrin (3ANX) and its hydrolysis product 7-α hydroxy, 3,15-dideacetylcalonectrin to (NX) demonstrated that we still have a lot to learn about this well studied but complicated fungus. We conducted a survey of maize and wheat samples from Ontario farms. In the 2015 crop year, we isolated 86 strains and tested a representative subset of 20 using the published genetic probes for assessing genotype. We also developed a targeted LC-MS/MS method for the identification and quantitation of known toxins from this species to determine chemotype. The results showed that 80% of our strains produced some 3ANX in addition to 15ADON and one strain produced 3ANX and no 15ADON. Comparison of chemical data with genotyping revealed that in more than 50% of the cases there was no clear agreement. These data demonstrate the importance of chemical analysis for understanding the toxigenic potential of strains, especially using a LC-MS method that is capable of differentiating 3ADON and 15ADON. For this collection, genotyping of isolates did not produce reliable information on the chemotype. This is the first report of 3ANX toxin production concurrently with 15ADON and suggests that the 3ANX producers in North America likely originated from the 15ADON background.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».