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Enregistrement W2944520529 · doi:10.1101/632810

Well-Differentiated Papillary Mesothelioma of the Peritoneum is Genetically Distinct from Malignant Mesothelioma

2019· preprint· en· W2944520529 sur OpenAlexafffund
Raunak Shrestha, Noushin Nabavi, Stanislav Volik, Shawn Anderson, Anne Haegert, Brian McConeghy, Sonal Brahmbhatt, Robert H. Bell, Stéphane Le Bihan, Yuzhuo Wang, Colin C. Collins, Andrew Churg

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueOccupational and environmental lung diseases
Établissements canadiensVancouver General HospitalBC Cancer AgencyUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchBC Cancer FoundationMitacs
Mots-clésMesotheliomaPeritoneumPathologyExome sequencingCDKN2ACancer researchBiologyMutationMedicineCancerGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Well-differentiated papillary mesothelioma (WDPM) is an uncommon mesothelial proliferation that is most commonly encountered as an incidental finding in the peritoneal cavity. There is controversy in the literature about whether WDPM is a neoplasm or a reactive process, and if neoplastic, whether it is a variant or precursor of epithelial malignant mesothelioma or is a different entity. Using whole exome sequencing of five WDPM of the peritoneum, we have identified distinct mutations in EHD1, ATM, FBXO10, SH2D2A, CDH5, MAGED1 , and TP73 shared by WDPM cases but not reported in malignant mesotheliomas. Furthermore, we show that WDPM is strongly enriched with C>A transversion substitution mutations, a pattern that is also not found in malignant mesotheliomas. The WDPMs lacked alterations involving BAP1, SETD2, NF2, CDKN2A/B, LASTS1/2, PBRM1 , and SMARCC1 that are frequently altered in malignant mesotheliomas. We conclude that WDPMs are neoplasms that are genetically distinct from malignant mesotheliomas, and based on observed mutations do not appear to be precursors of malignant mesotheliomas.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,209
Écart entre enseignants0,200 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations9
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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