Pathology Laboratory Surveillance in the Australian Collaboration for Coordinated Enhanced Sentinel Surveillance of Sexually Transmitted Infections and Blood-Borne Viruses: Protocol for a Cohort Study
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Passive surveillance is the principal method of sexually transmitted infection (STI) and blood-borne virus (BBV) surveillance in Australia whereby positive cases of select STIs and BBVs are notified to the state and territory health departments. A major limitation of passive surveillance is that it only collects information on positive cases and notifications are heavily dependent on testing patterns. Denominator testing data are important in the interpretation of notifications. OBJECTIVE: The aim of this study is to establish a national pathology laboratory surveillance system, part of a larger national sentinel surveillance system called ACCESS (the Australian Collaboration for Coordinated Enhanced Sentinel Surveillance). ACCESS is designed to utilize denominator testing data to understand trends in case reporting and monitor the uptake and outcomes of testing for STIs and BBVs. METHODS: ACCESS involves a range of clinical sites and pathology laboratories, each with a separate method of recruitment, data extraction, and data processing. This paper includes pathology laboratory sites only. First established in 2007 for chlamydia only, ACCESS expanded in 2012 to capture all diagnostic and clinical monitoring tests for STIs and BBVs, initially from pathology laboratories in New South Wales and Victoria, Australia, to at least one public and one private pathology laboratory in all Australian states and territories in 2016. The pathology laboratory sentinel surveillance system incorporates a longitudinal cohort design whereby all diagnostic and clinical monitoring tests for STIs and BBVs are collated from participating pathology laboratories in a line-listed format. An anonymous, unique identifier will be created to link patient data within and between participating pathology laboratory databases and to clinical services databases. Using electronically extracted, line-listed data, several indicators for each STI and BBV can be calculated, including the number of tests, unique number of individuals tested and retested, test yield, positivity, and incidence. RESULTS: To date, over 20 million STI and BBV laboratory test records have been extracted for analysis for surveillance monitoring nationally. Recruitment of laboratories is ongoing to ensure appropriate coverage for each state and territory; reporting of indicators will occur in 2019 with publication to follow. CONCLUSIONS: The ACCESS pathology laboratory sentinel surveillance network is a unique surveillance system that collects data on diagnostic testing, management, and care for and of STIs and BBVs. It complements the ACCESS clinical network and enhances Australia's capacity to respond to STIs and BBVs. INTERNATIONAL REGISTERED REPORT IDENTIFIER (IRRID): DERR1-10.2196/13625.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,084 | 0,061 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,004 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,005 | 0,002 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,037 | 0,010 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».