MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2945978665 · doi:10.1038/s41531-019-0080-x

Mitochondria function associated genes contribute to Parkinson’s Disease risk and later age at onset

2019· article· en· W2945978665 sur OpenAlexaff
Kimberley J. Billingsley, Inês A. Barbosa, Sara Bandrés‐Ciga, John P. Quinn, Vivien J. Bubb, Charu Deshpande, Juan A. Botía, Regina H. Reynolds, David Zhang, Michael A. Simpson, Cornelis Blauwendraat, Ziv Gan‐Or, J. Raphael Gibbs, Mike A. Nalls, Andrew Singleton, Alastair J. Noyce, Arianna Tucci, Ben Middlehurst, Demis A. Kia, Mingpu Tan, Henry Houlden, Huw R. Morris, Hélène Plun‐Favreau, Peter Holmans, John Hardy, Daniah Trabzuni, José Brás, Kin Y. Mok, Kerri J. Kinghorn, Nicholas Wood, Patrick A. Lewis, Rita Guerreiro, Ruth C. Lovering, Lea R’Bibo, Mie Rizig, Valentina Escott‐Price, Viorica Chelban, Thomas Foltynie, N. Williams, Alexis Brice, Fabrice Danjou, Suzanne Lesage, María Martínez, Ayush Giri, Claudia Schulte, Kathrin Brockmann, Javier Simón‐Sánchez, Peter Heutink, Patrizia Rizzu, Manu Sharma, Thomas Gasser, Aude Nicolas, Mark Cookson, Faraz Faghri, Dena Hernández, J. Shulman, Laurie Robak, Steven Lubbe, Steven Finkbeiner, Niccolò E. Mencacci, Codrin Lungu, Sonja W. Scholz, Xylena Reed, Hampton L. Leonard, Guy A. Rouleau, Lynne Krohan, JJ van Hilten, Johan Marinus, Astrid Adarmes‐Gómez, M. Aguilar, Ignacio Álvarez, Victoria Álvarez, Francisco Javier Barrero, J. Bergareche Yarza, Inmaculada Bernal‐Bernal, Magally Bernal, María Teresa Boungiorno, Dolores Buiza‐Rueda, Ana Cámara, María Cárcel, F. Carrillo, Mario Carrión‐Claro, Debora Cerdan, Jordi Clarimón, Yaroslau Compta, Mónica Díez-Fairén, Oriol Dols‐Icardo, J. Duarte, R. l. Duran, Francisco Escamilla‐Sevilla, Mario Ezquerra, Manel Fernández, Rubén Fernández‐Santiago, C. Garcı́a, Pedro Ruiz, Pilar Gómez‐Garre, Mégane Heredia, Isabel González Aramburu, Ana Gorostidi Pagola, Janet Hoenicka, Jon Infante, Silvia Jesús, Adriano Jiménez‐Escrig, Jaime Kulisevsky, Miguel A. Labrador‐Espinosa, José Luis López-Sendón, Adolfo López de Munaín Arregui, Daniel Macías, Irene Martínez‐Torres, Marı́a José Martı́, Juan Carlos Martínez‐Castrillo, Carlota Méndez‐del‐Barrio, Manuel Menéndez‐González, Adolfo Mínguez‐Castellanos, Pablo Mir, Elisabet Mondragón Rezola, Esteban Muñoz, Javier Pagonabarraga, Pau Pástor, Francisco Pérez Errazquin, María Teresa Periñán, Javier Ruiz‐Martínez, Clara Ruz, A Rodríguez, María Sierra, Esther Suárez-Sanmartín, César Tabernero, Juan Pablo Tartari, Cristina Tejera‐Parrado, E. Tolosa, Francesc Valldeoriola, Laura Vargas‐González, Lydia Vela, Francisco Vives, Alexander Zimprich, Lasse Pihlstrøm, Pille Taba, Kari Majamaa, Ari Siitonen, Njideka Okubadejo, Oluwadamilola O. Ojo, Mina Ryten, Sulev Kõks

Notice bibliographique

Revuenpj Parkinson s Disease · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAutophagy in Disease and Therapy
Établissements canadiensMcGill UniversityMcGill University Health CentreMcGill Genome CentreMontreal Neurological Institute and Hospital
Organismes subventionnairesNational Institute on AgingRosetrees TrustParkinson's UKU.S. Department of Health and Human ServicesNational Institutes of HealthMedical Research CouncilBarts Charity
Mots-clésMendelian randomizationMitophagyBiologyMitochondrionProteostasisGeneticsDiseaseParkinson's diseaseMitochondrial diseaseLRRK2Mitochondrial DNAGenome-wide association studyMitochondrial EncephalomyopathiesBioinformaticsGeneMutationMedicineInternal medicineMitochondrial myopathySingle-nucleotide polymorphismAutophagy

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Mitochondrial dysfunction has been implicated in the etiology of monogenic Parkinson's disease (PD). Yet the role that mitochondrial processes play in the most common form of the disease; sporadic PD, is yet to be fully established. Here, we comprehensively assessed the role of mitochondrial function-associated genes in sporadic PD by leveraging improvements in the scale and analysis of PD GWAS data with recent advances in our understanding of the genetics of mitochondrial disease. We calculated a mitochondrial-specific polygenic risk score (PRS) and showed that cumulative small effect variants within both our primary and secondary gene lists are significantly associated with increased PD risk. We further reported that the PRS of the secondary mitochondrial gene list was significantly associated with later age at onset. Finally, to identify possible functional genomic associations we implemented Mendelian randomization, which showed that 14 of these mitochondrial function-associated genes showed functional consequence associated with PD risk. Further analysis suggested that the 14 identified genes are not only involved in mitophagy, but implicate new mitochondrial processes. Our data suggests that therapeutics targeting mitochondrial bioenergetics and proteostasis pathways distinct from mitophagy could be beneficial to treating the early stage of PD.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,272
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,247
Écart entre enseignants0,238 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations161
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revuenpj Parkinson s DiseaseMême sujetAutophagy in Disease and TherapyTravaux en français237 207