Genome-wide specificity profiles of CRISPR-Cas Cpf1 nucleases in human cells
Notice bibliographique
Résumé
CRISPR-Cas Cpf1 nucleases have recently been described as an alternative genomeediting platform 1 , yet their activities and genome-wide specificities remain largely undefined.Here we show that two Cpf1 nucleases function robustly in human cells with on-target efficiencies comparable to those of the widely used Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9) [2][3][4][5] .We also demonstrate that four to six bases at the 3' end of the short CRISPR RNA (crRNA) used to program Cpf1 are insensitive to single base mismatches but that many of the other bases within the crRNA targeting region are highly sensitive to single or double substitutions.Consistent with these results, GUIDE-seq and targeted deep sequencing analyses of two Cpf1 nucleases revealed no detectable off-target cleavage for over half of 20 different crRNAs we examined.Our results suggest that the two Cpf1 nucleases we characterized generally possess high specificities in human cells, a finding that should encourage broader use of these genome editing enzymes.Clustered, regularly interspaced, short palindromic repeat (CRISPR) systems encode RNA-guided endonucleases that are essential for bacterial adaptive immunity 6 .Much work has shown that these CRISPR-associated (Cas) nucleases can be easily programmed to cleave target DNA sequences of interest for genome editing applications in a variety of different organisms 2-5 .One class of these nucleases, known as Cas9 proteins, naturally complex with two short RNAs: a crRNA and a trans-activating crRNA (tracrRNA) 7,8 .SpCas9, the most commonly used Cas9 orthologue, uses a crRNA harboring 20 nucleotides at its 5' end with complementarity to the "protospacer" region of its target DNA site.Efficient cleavage also requires the presence of a protospacer adjacent motif (PAM) which is recognized by SpCas9.The crRNA and tracrRNA are now typically combined into a single ~100 nt guide RNA (gRNA) 7, 9-11 , which functions efficiently with SpCas9 to direct its cleavage activity.The genome-wide specificities of SpCas9 nucleases paired with various gRNAs have been well-characterized .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».