Complete genome sequence analysis of temperate <i>Erwinia</i> bacteriophages 49 and 59
Notice bibliographique
Résumé
To date, a small number of temperate phages are known to infect members of the genus Erwinia. In this study, the genomes of temperate phages vB_EhrS_49 and vB_EhrS_59 infecting Erwinia horticola, the causative agent of beech black bacteriosis in Ukraine, were sequenced and annotated. Their genomes reveal no significant similarity to that of any previously reported viruses of Enterobacteriaceae. At the same time, phages 49 and 59 share extensive nucleotide sequence identity across the regions encoding head assembly, DNA packaging, and lysis. Despite significant homology between structural modules, the organization of distal tail morphogenesis genes is different. Furthermore, a number of putative morons and DNA methylases have been found in both phage genomes. Due to the revealed synteny as well as the structure of lysogeny module, phages 49 and 59 are suggested to be novel members of the lambdoid phage group. Conservative structural genes together with varying homology across the nonstructural region of the genomes make phages 49 and 59 highly promising objects for studying the genetic recombination and evolution of microbial viruses. The obtained data may as well be helpful for better understanding of relationships among Erwinia species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».