Small to modest impact of social group on the gut microbiome of wild Costa Rican capuchins in a seasonal forest
Notice bibliographique
Résumé
The horizontal transmission of pathogenic and beneficial microbes has implications for health and development of socially living animals. Social group is repeatedly implicated as an important predictor of gut microbiome structure among primates, with individuals in neighboring social groups exhibiting distinct microbiomes. Here we examine whether group membership is a predictor of gut microbiome structure and diversity across three groups of white-faced capuchins (Cebus capucinus imitator) inhabiting a seasonal Costa Rican forest. We collected 62 fecal samples from 18 adult females during four sampling bouts. Sampling bouts spanned the dry-to-wet-to-dry seasonal transitions. To investigate gut microbial composition, we sequenced the V4 region of the 16S rRNA gene. We used the DADA2 pipeline to assign amplicon sequence variants and the RDP database to classify taxa. Our findings are: 1) gut microbiomes of capuchins clustered by social group in the late dry season, but this pattern was less evident in other sampling bouts; 2) social group was a significant variable in a PERMANOVA test of beta diversity, but it accounted for less variation than season; 3) social group was not an important predictor of abundance for the ten most abundant microbial taxa in capuchins; 4) when examining log2-fold abundances of microbes between social groups, there were significant differences in some pairwise comparisons. While this is suggestive of group-wide differences, individual variation may have a strong impact and should be assessed in future studies. Overall, we found a minor impact of social group membership on the gut microbiota of wild white-faced capuchins. Future research including home range overlap and resource use, as well as fine-scale investigation of individual variation, will further elucidate patterns of socially structured microbes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».