NSABP B-41, a randomized neoadjuvant trial: Genes and signatures associated with pathologic complete response (pCR).
Notice bibliographique
Résumé
511 Background: NSABP B-41 randomly assigned 529 patients (pts) with HER2 positive breast cancer to neoadjuvant trastuzumab (T), lapatinib (L), or combination (T+L), with weekly paclitaxel following doxorubicin and cyclophosphamide. No significant differences in pCR were found, but overall survival was significantly increased for pCR. Methods: RNA was extracted from FFPE tumor specimens, run on the NanoString Breast Cancer 360 Plus panel. Gene counts were normalized to include housekeeping genes, 33 biological signatures from 776 genes across 23 pathways and transformed into logarithm scale with base two. Univariate logistic regression was used to screen candidate genes and signatures that are prognostic of pCR, with false discovery rate controlled at 0.1. Multivariable logistic regression with lasso regularization was used for model selection. Results: 194 core biopsy samples were available; 69 treated with T, 64 with L and 61 with T+L. 20 prognostic genes are selected for trastuzumab-based regimens (TBR), including the epithelial-mesenchymal transition (HEMK1, GRB7, ERBB2, TMPRSS4), adhesion and migration (ITGB6, COL27A1, NRCAM), JAK-STAT (SOCS2), Hedgehog (LRP2), ER signaling (ELOVL2, MAPT), DNA damage and repair (NPEPPS, PRKDC), MAPK (DUSP6, PRKCB), Apoptosis (BCL2), proliferation (TFDP1). ERBB2 expression are associated with pCR in patients on TBR (OR = 1.73), but not for patients on L (interaction p = 0.01). HER2-Enriched correlation (p < 0.001), ESR1 (OR = 0.78, 95% CI = 0.69-0.88, p < 0.001), PD1 (OR = 1.68, 95% CI = 1.12-2.52, p = 0.01) and Tumor Inflammation Score (OR = 1.58, 95% CI = 1.18-2.11, p = 0.002) are associated with pCR in TBR. No genes or signatures were found to be predictive of treatment benefit from L added to T. Conclusions: BC360 highlighted tumor progression and signaling genes prognostic for TBR. HER2-Enriched correlation, ERBB2 and PD1 expression, and immune activation signatures were associated with pCR in TBR and may provide personalized treatment guidance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».