MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2946845336 · doi:10.15252/embj.2018101109

Spatial and proteomic profiling reveals centrosome‐independent features of centriolar satellites

2019· article· en· W2946845336 sur OpenAlexafffund
Ladan Gheiratmand, Étienne Coyaud, Gagan D. Gupta, Estelle Laurent, Monica Hasegan, Suzanna L. Prosser, João Gonçalves, Brian Raught, Laurence Pelletier

Notice bibliographique

RevueThe EMBO Journal · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMicrotubule and mitosis dynamics
Établissements canadiensUniversity of TorontoPrincess Margaret Cancer CentreUniversity Health NetworkLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesKrembil FoundationOntario Genomics InstituteGovernment of CanadaGovernment of OntarioCanadian Institutes of Health ResearchGenome CanadaOntario GenomicsCompute Canada
Mots-clésCentrosomeBiologyCentrioleCiliogenesisSatelliteCell biologyComputational biologyMicrotubuleCiliopathiesBasal bodyCiliumGeneticsCellPhenotypeGenePhysicsCell cycleFlagellum

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Centriolar satellites are small electron‐dense granules that cluster in the vicinity of centrosomes. Satellites have been implicated in multiple critical cellular functions including centriole duplication, centrosome maturation, and ciliogenesis, but their precise composition and assembly properties have remained poorly explored. Here, we perform in vivo proximity‐dependent biotin identification (BioID) on 22 human satellite proteins, to identify 2,113 high‐confidence interactions among 660 unique polypeptides. Mining this network, we validate six additional satellite components. Analysis of the satellite interactome, combined with subdiffraction imaging, reveals the existence of multiple unique microscopically resolvable satellite populations that display distinct protein interaction profiles. We further show that loss of satellites in PCM1‐depleted cells results in a dramatic change in the satellite interaction landscape. Finally, we demonstrate that satellite composition is largely unaffected by centriole depletion or disruption of microtubules, indicating that satellite assembly is centrosome‐independent. Together, our work offers the first systematic spatial and proteomic profiling of human centriolar satellites and paves the way for future studies aimed at better understanding the biogenesis and function(s) of these enigmatic structures. Centriolar satellites are implicated in cellular functions such as centriole duplication, centrosome maturation and ciliogenesis, but their precise composition and assembly properties are still poorly defined. Spatial and proteomic profiling now reveals their interactome and centrosome‐independent features. Bio‐ID of 22 centriolar satellite proteins defines a proximity interaction landscape amongst more than 600 proteins, which is greatly affected by depletion of the key satellite constituent PCM1.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,291

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,218
Écart entre enseignants0,214 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations114
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueThe EMBO JournalMême sujetMicrotubule and mitosis dynamicsTravaux en français237 207