Comprehensive characterization of pseudomyxoma peritonei.
Notice bibliographique
Résumé
e15701 Background: Pseudomyxoma peritonei (PMP) is a rare malignant tumor characterized by the infiltration of the peritoneum by mucus-secreting tumor cells. The genetic landscape of these tumors and correlation with clinico-pathological tumor features is unclear to date. Methods: We performed whole-exome sequencing (WES) on 8 PMPs and matched normal. We then validated our finding using ultra-deep sequencing of hotspot mutations (~82.270 x) in 45 clinically annotated samples. In addition, bulk RNAseq was performed on 10 samples and MCP-counter was used to infer absolute abundance of eight immune and two stromal cell populations. Results: Overall, 323 somatic mutations were identified through WES with most frequent mutations involving GNAS (R186H) (50%), KRAS (G12D) (50%), AHNAK2 (25%) and ATXN1 (25%). Furthermore, ultra-deep sequencing uncovered KRAS, GNAS and IDH1/2 hotspots mutations in 16 (35.5%), 11 (24.4%) and 2 (4.4%) PMPs, respectively. Strikingly, KRAS mutations were enriched in females (79% vs 39%, p = 0.03) while GNAS in males (67% vs 28%, p = 0.04). No other significant associations were identified between mutations and other clinico-pathological features. Using MCP-counter, fibroblasts, endothelial cells and moncoytic cells were the most frequent inferred cells. Unsupervised clustering using expression of most variable cells identified two PMP clusters, namely C1 (n = 4) and C2 (n = 6). C2 cluster displayed higher T cells as compared to C1 (p < 0.0001), consistent with increased cytotoxic lymphocytes (p = 0.04). Notably, C2 was enriched for tumors with higher grade as compared to C1 (80% vs 0%; p = 0.04). Conclusions: Our study represents the largest study to data exploring genetic and immune alterations in PMPs. We uncovered puzzling associations between genetic landscape of PMPs and patients gender, which deserve further validation in an independent cohort. The association of high-grade tumors with increased tumor infiltrating lymphocytes suggests the existence of an immunogenic microenvironment; PD-1/PD-L1 blockade might represent a therapeutic option for these patients.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».