Non-small cell lung cancer (NSCLC) next generation sequencing (NGS) using the Oncomine Comprehensive Assay (OCA) v3: Integrating expanded genomic sequencing into the Canadian publicly funded health care model.
Notice bibliographique
Résumé
2620 Background: Standard of care (SOC) molecular diagnostics for stage IV NSCLC patients in Ontario, Canada includes publicly reimbursed EGFR/ ALK, and selected BRAF and ROS-1 testing. Other genomic alterations are not tested routinely; however, enhanced molecular testing may broaden treatment options for patients. This study evaluated costs, identified actionable targets, and determined clinical trial eligibility as a result of using the OCAv3 NGS in stage IV NSCLC patients. Methods: In a prospective study of stage IV NSCLC out-patients at Princess Margaret Cancer Centre (Toronto) without EGFR/ALK/KRAS/BRAF alteration (unless failure of prior targeted therapy), diagnostic samples were tested by OCAv3 (ThermoFisher; 161 genes: hotspots, fusions, and copy number variations). Primary endpoints were incremental actionable targets and clinical trial opportunities as a result of broader OCAv3 testing. Secondary endpoints include feasibility and cost from the Canadian public healthcare perspective, and treatment outcomes. Results: Of 65 enrolled patients (Feb 2018-Jan 2019; 40 (62%) completed/14 (21%) screen fail/ 11 (17%) pending), median age of completed cohort was 65, 60% (N = 24) female, never/light smokers 68% (N = 27), Asian 38% (N = 15), previously treated 33% (N = 13). Actionable targets beyond SOC were identified in 33% (N = 13): ERBB2 (N = 8), BRAFV600 (N = 3), NRG fusion (N = 1), MET exon 14 (N = 1). New clinical trial options were identified in 70%. Failure of NGS was secondary to insufficient tissue [91% (N = 10) of screen failures; usually due to tissue exhaustion from prior SOC molecular testing]. Incremental costs per case beyond EGFR/ALK are estimated at $540 CAD. If ROS-1 and BRAF testing were publicly reimbursed at current rates, the incremental profiling cost with OCAv3 would be $90 CAD per case. Conclusions: Although a key barrier to implementation is lack of funding for NGS in the Canadian publicly funded system, the OCAv3 consolidates genomic testing, identifies additional actionable targets, and substantially increases clinical trial eligibility for patients at a small incremental cost. Clinical trial information: NCT03558165.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».