Leeomic: A comprehensive proteomic analysis towards discovery of predictive patterns of protein expression to ribociclib sensitivity and resistance—A compLEEment-1 Canadian correlative sub-study.
Notice bibliographique
Résumé
TPS3170 Background: Despite developments in the treatment of advanced hormone receptor positive (HR+), human epidermal growth factor receptor 2 negative (HER2-) breast cancer, primary or acquired resistance eventually occurs in all cases and there is still very limited understanding of the mechanisms of resistance to therapy. LEEOMIC is a sub-study of the main CompLEEment-1 ( N = 3255 patients enrolled, CLEE011A2404 v03) trial, an open-label, phase 3b study evaluating ribociclib + letrozole as first-line therapy in an expanded advanced breast cancer patient population which recruited over 250 Canadian patients. The purpose of this Canadian correlative sample collection study is to explore the mechanisms of response and resistance to ribociclib in combination with letrozole through proteomic and ctDNA analysis. Methods: The British Columbia Cancer Research Centre team developed a novel and optimized MS/MS platform called SP3-Clinical Tissue Proteomics (SP3-CTP) to perform in-depth proteome profiling ( > 8,000 proteins) from formalin fixed paraffin embedded (FFPE) material (10-micron section). SP3-CTP analysis of the proteome of the study patients who did not achieve clinical benefit (primary resistance: progression within 3 months of treatment) will be compared to the proteome of the sub-group of prolonged responders (time to progression of 22 months or more) in order to identify biomarkers that can predict response or de-novo resistance to therapy. Archival tumor biopsies (primary or metastatic) collected from the study will be submitted for proteomic analysis to identify proteomic expression levels that may serve as predictor of response. It is anticipated that over 150 samples will be collected. If available, blood samples taken at time of progression or end of treatment will also be analyzed for ctDNA for genetic profiling and to study if there is any correlation between genetic mutations and response or resistance to therapy. Currently, both tissue and blood samples are being collected and no analysis has been conducted thus far. Clinical trial information: NCT03613220.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».