Role of the oral and gut microbiota as a biomarker in locoregionally advanced oropharyngeal squamous cell carcinoma (ROMA LA-OPSCC).
Notice bibliographique
Résumé
6045 Background: The ROMA LA-OPSCC ( NCT03759730) study prospectively evaluated the oral and gut microbiota in a single-centre cohort of LA-OPSCC patients (pts) receiving chemoradiotherapy (CRT). Methods: LA-OPSCC pts treated with definitive CRT (IMRT plus single-agent cisplatin) were eligible. Oral swabs over the tumor site and stool samples were collected at baseline and end of CRT (EOT). Taxonomic profiles were generated by 16S rRNA sequencing. ANOSIM/Kruskal-Wallis tests were used to identify differences between baseline and EOT samples. Results: A total of 96 samples were collected from 24 evaluable pts (100% compliance). Baseline characteristics: median age = 61 (range, 50-71); smoking status current/former/never = 5/11/8; HPV+/- = 23/1; stage I/II/III/IVA = 7/7/9/1; use of antibiotics = 12 pts. In oral swabs, decreased Shannon diversity ( p< 0.01) and changes in abundance (adjusted p value: q< 0.05) of multiple taxa including Prevotella, Veillonella, and Streptococcuswere observed at EOT vs baseline. Stool diversity did not differ between baseline and EOT ( p= 0.42), but abundance of Ruminoccocus and Roseburia decreased ( q< 0.05). CRT-associated changes remained significant when controlled for stage, smoking, antibiotics, cisplatin dose and mucositis grade ( p< 0.01). In HPV+ pts, stage I-II baseline oral swabs had higher relative abundance of Clostridium IV ( p= 0.02) and Escherichia ( p= 0.04) than stage III, which had higher Fusobacterium ( p =0.03) and Gemella ( p< 0.01). Relative abundance of Actinobacteria (p < 0.01), Proteobacteria (p < 0.01) and Firmicutes (p = 0.03) was higher in stool from stage III pts . Akkermansia muciniphila was present in 57% of the stage I-II stool samples, and 11% in stage III ( p= 0.04). Conclusions: CRT in LA-OPSCC is associated with increases in potentially pathogenic genera in the oropharynx. HPV+ stage III disease was associated with higher Fusobacterium in the oropharynx, which has been implicated in tumor metastases, and with decreased prevalence of the immunotherapy-response-associated species Akkermansia in stool. These preliminary observations suggest an opportunity for the evaluation of IO based therapies or manipulation of the gut microbiota in this patient population. Clinical trial information: NCT03759730.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».