Polygenic risk of subsequent thyroid cancer after childhood cancer: A report from St. Jude lifetime cohort (SJLIFE) and Childhood Cancer Survivor Study (CCSS).
Notice bibliographique
Résumé
10060 Background: Subsequent thyroid cancer (STC) is among the most common malignancies in childhood cancer survivors, especially those with thyroid exposure to radiotherapy (RT). Identification of genetic risk factors may inform screening practices. Methods: Twelve SNPs were previously identified as thyroid cancer risk loci in the general population of European ancestry. A polygenic risk score (PRS) was calculated as a sum of risk alleles carried by a survivor, weighted by the natural logarithm of the published per-allele odds ratios (range: 1.2-1.8). With piecewise exponential models, associations of STC rates with PRS were assessed, both overall and stratified by neck RT exposure. Models were adjusted for sex, age at primary diagnosis, attained age, neck RT dose, epipodophyllotoxin therapy, and eigenvectors within survivors of European ancestry from SJLIFE with whole-genome sequencing data and CCSS with SNP data imputed to Haplotype Reference Consortium. Results: Among 2,324 SJLIFE survivors, 61 (43 with, 18 without neck RT) developed STC. The rate of STC was increased by 5.3-fold (95% confidence interval (CI), 2.2-12.6) and 3.1-fold (CI, 1.3-7.7) for survivors in the third and second PRS tertiles, respectively, compared to those in the first tertile, with corresponding cumulative incidence at age of 40 years of 5.3% (CI, 3.3-7.3%), 2.5% (CI, 1.1-3.9%), and 1.0% (CI, 0.005-2.0%), respectively. Stratified by neck RT, the corresponding rate increases were 7.6 (CI, 2.3-25.3) and 3.8 (CI, 1.1-13.4), respectively, among survivors exposed to neck RT; however, no association was observed among survivors without neck RT (only 18 STC cases). Replication was performed among 4,302 CCSS survivors, 100 (61 with, 39 without neck RT) developed STC. The rates of STC were increased by 2.3-fold (CI, 1.4-3.9) and 1.7-fold (CI, 1.0-2.9) for survivors in the third and the second PRS tertiles, compared to those in the first tertile. The similar significant associations were observed in survivors with and without neck RT ( Ptrend = 0.04 and 0.02, respectively). Conclusions: High PRS conferring STC risk can inform screening practices and help personalize and improve survivorship care.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».