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Enregistrement W2947200411 · doi:10.1074/jbc.ra119.008969

Klebsiella pneumoniae O1 and O2ac antigens provide prototypes for an unusual strategy for polysaccharide antigen diversification

2019· article· en· W2947200411 sur OpenAlexafffund
Steven D. Kelly, Bradley R. Clarke, Olga G. Ovchinnikova, Ryan P. Sweeney, Monica L. Williamson, Todd L. Lowary, Chris Whitfield

Notice bibliographique

RevueJournal of Biological Chemistry · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineChemistry
ThématiqueCarbohydrate Chemistry and Synthesis
Établissements canadiensAlberta Glycomics CentreUniversity of AlbertaUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanada Research ChairsGovernment of Canada
Mots-clésGlycosyltransferaseGalactosyltransferaseAntigenEnzymeChemistryTransferaseGlycanBiochemistryMutantStereochemistryBiologyGeneGeneticsGlycoprotein

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A limited range of different structures is observed in O-antigenic polysaccharides (OPSs) from Klebsiella pneumoniae lipopolysaccharides. Among these, several are based on modifications of a conserved core element of serotype O2a OPS, which has a disaccharide repeat structure [33)--D-Galp-(133)--D-Galf-(13]. Here, we describe the enzymatic pathways for a highly unusual modification strategy involving the attachment of a second glycan repeat-unit structure to the nonreducing terminus of O2a. This occurs by the addition of the O1 [33)--D-Galp-(133)--D-Galp-(13] or O2c [33)--D-GlcpNAc-(135)--D-Galf-(13] antigens. The organization of the enzyme activities performing these modifications differs, with the enzyme WbbY possessing two glycosyltransferase catalytic sites solely responsible for O1 antigen polymerization and forming a complex with the O2a glycosyltransferase WbbM. In contrast, O2c polymerization requires glycosyltransferases WbmV and WbmW, which interact with one another but apparently not with WbbM. Using defined synthetic acceptors and site-directed mutants to assign the activities of the WbbY catalytic sites, we found that the C-terminal WbbY domain is a UDP-Galp-dependent GT-A galactosyltransferase adding -(133)-linked D-Galp, whereas the WbbY N terminus includes a GT-B enzyme adding -(133)-linked D-Galp. These activities build the O1 antigen on a terminal Galp in the O2a domain. Using similar approaches, we identified WbmV as the UDP-GlcNAc transferase and noted that WbmW represents a UDP-Galf-dependent enzyme and that both are GT-A members. WbmVW polymerizes the O2c antigen on a terminal Galf. Our results provide mechanistic and conceptual insights into an important strategy for polysaccharide antigen diversification in bacteria.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,009
Score d'incertitude au seuil0,784

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,052
Tête enseignante GPT0,282
Écart entre enseignants0,230 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations34
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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