Measuring on-treatment genome-wide tumor copy number alterations in cell-free DNA (cfDNA) in plasma is highly prognostic in metastatic breast cancer.
Notice bibliographique
Résumé
1097 Background: The clinical management of metastatic breast cancer depends on the measurement of tumor response to successive drugs by serial imaging and changes in blood tumor markers, which remain the standard of care despite poor sensitivity and specificity. Highly sensitive and specific cfDNA secreted from the tumor can detect the changes in tumor-specific aberrations that have been shown to be associated with patient response in the metastatic setting. However, most approaches require prior sequencing of the tumor to target specific known mutations. Methods: Using low coverage genomic sequencing, a genomic instability number (GIN) was measured in cfDNA based on the detection of genome-wide tumor-specific DNA copy number alterations for 27 patients with metastatic breast cancer. The GIN value and its variation from baseline before treatment, as well as within 10 days and 3 weeks after start of therapy were compared with tumor response, progression free survival (PFS) and overall survival (OS) of the patients. Patients were followed for a median of 22 months and we used a previously published GIN threshold at 170 for high vs low GIN values. Sequencing was performed blinded to the clinical results. Results: Baseline GIN values were not associated with tumor response at 3or 6 months, but showed a trend towards lower OS with higher GIN (p = 0.12). GIN values fell by an average of 28% in responders (stable disease or response) and 23% in those with progression (p = 0.85), but remained lower at 3 weeks only in the responders. High GIN values within 10 days and 3 weeks were associated with markedly worse OS (p = 0.014 and p = 0.009 respectively) and those at 3 weeks with worse PFS (p = 0.017). Hence the median survival of patients with high GIN at 10 days or 3 weeks was 12 months vs not reached for those with low GIN. The percentage drop of GIN at 10 days but not at 3 weeks was significantly associated with PFS (p = 0.016). Conclusions: These results demonstrate that GIN values of cfDNA measured at early on-treatment time points can predict PFS and OS with a high degree of accuracy. These findings deserve further study in a larger cohort but hold the promise of early prediction of clinical outcomes in a tumor-independent genome-wide approach.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».