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Enregistrement W2947504664 · doi:10.1186/s12881-019-0777-z

Novel Usher syndrome pathogenic variants identified in cases with hearing and vision loss

2019· article· en· W2947504664 sur OpenAlexafffund
Justin A. Pater, Jane Green, Darren D. O’Rielly, Anne Griffin, Jessica Squires, Taylor Burt, Sara Fernandez, Bridget A. Fernandez, Jim Houston, Jiayi Zhou, Nicole M. Roslin, Terry‐Lynn Young

Notice bibliographique

RevueBMC Medical Genetics · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueHearing, Cochlea, Tinnitus, Genetics
Établissements canadiensSickKids FoundationHospital for Sick ChildrenSt. John’s Health Sciences CentreMemorial University of Newfoundland
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchResearch and Development Corporation of Newfoundland and LabradorChildren's Hospital FoundationGenome Canada
Mots-clésUsher syndromeRetinitis pigmentosaHearing lossGeneticsBiologyMedicineAudiologyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Usher syndrome, the most common form of inherited deaf-blindness, is unlike many other forms of syndromic hereditary hearing loss in that the extra aural clinical manifestations are also detrimental to communication. Usher syndrome patients with early onset deafness also experience vision loss due to progressive retinitis pigmentosa that can lead to legal blindness in their third or fourth decade. METHODS: Using a multi-omic approach, we identified three novel pathogenic variants in two Usher syndrome genes (USH2A and ADGRV1) in cases initially referred for isolated vision or hearing loss. RESULTS: In a multiplex hearing loss family, two affected sisters, the product of a second cousin union, are homozygous for a novel nonsense pathogenic variant in ADGRV1 (c.17062C > T, p.Arg5688*), predicted to create a premature stop codon near the N-terminus of ADGRV1. Ophthalmological examination of the sisters confirmed typical retinitis pigmentosa and prompted a corrected Usher syndrome diagnosis. In an unrelated clinical case, a child with hearing loss tested positive for two novel USH2A splicing variants (c.5777-1G > A, p. Glu1926_Ala1952del and c.10388-2A > G, p.Asp3463Alafs*6) and RNA studies confirmed that both pathogenic variants cause splicing errors. Interestingly, these same USH2A variants are also identified in another family with vision loss where subsequent clinical follow-up confirmed pre-existing hearing loss since early childhood, eventually resulting in a reassigned diagnosis of Usher syndrome. CONCLUSION: These findings provide empirical evidence to increase Usher syndrome surveillance of at-risk children. Given that novel antisense oligonucleotide therapies have been shown to rescue retinal degeneration caused by USH2A splicing pathogenic variants, these solved USH2A patients may now be eligible to be enrolled in therapeutic trials.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0020,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,047
Tête enseignante GPT0,309
Écart entre enseignants0,262 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations12
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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