Correlates of overall survival (OS) in metastatic uveal melanoma (mUM) and a randomized trial of cabozantinib (cabo) versus chemotherapy (chemo).
Notice bibliographique
Résumé
9506 Background: Survival is poor in mUM and treatment options are limited. MET kinase is over-expressed on UM and the MET inhibitor cabo showed activity in an early trial. Methods: A091201 was a 2:1 randomized phase II study testing progression-free survival (PFS) of cabo (60 mg daily) vs chemo (DTIC/TMZ). We studied baseline metastatic tumor samples (n = 19; 1 lung, 18 liver) by whole exome sequencing (WES) and RNAseq. We correlated data with OS and made comparisons for mUM vs. primary tumors from TCGA (n = 80). Results: 46 patients were accrued with 96% and 63% with liver metastases and elevated LDH, respectively. Toxicities were similar to prior reports of cabo and chemo. The trial stopped at interim analysis due to no difference in PFS (p = 0.964; HR = 0.99) or OS (p = 0.580; HR = 1.21). WES showed tumor mutational burden of 46±4 (mean±SEM) and did not separate OS at 1 year (p = 0.14, two-sided Wilcoxon rank sum test) in A091201. Recurrent known mutations included GNAQ/11, SF3B1, BAP1; novel mutations included GOLGA6L10, PKD1L3, and FAM228B. Gene expression signatures differed significantly between A091201 and TCGA cohorts including MET signaling (p = 7.87e-22), T cell-inflamed (p = 0.004), homologous recombination deficiency (p = 0.004), proliferation (p = 0.009) and hypoxia (p = 5.2e-10) (two-sided Student’s t-test). Tumor immune cell enrichment analysis revealed significant differences with lower M1:M2 macrophage (p = 1.2e-10) and higher Tregs (p = 6.0E-21) in mUM relative to TCGA (two-sided Wilcoxon rank sum test). Epithelial-mesenchymal transition gene expression signature was significantly associated with worse OS in A091201 (p = 0.02) with angiogenesis signature trending toward significance (p = 0.21) (log-rank test). OS separated by differentially expressed genes with OS ≤ 1 year associating with increased expression of the angiogenesis/immune-associated molecule neuropilin 1. Conclusions: These results provide insights between primary and mUM indicating potential novel therapeutic approaches. Support: U10CA180821, U10CA180882, T32GM007019, Exelixis. https://acknowledgments.alliancefound.org ; Clinical trial information: NCT01835145.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».