Developing a Genotyping Scheme for Mycobacterium abscessus Complex Using Whole Genome Sequencing Data
Notice bibliographique
Résumé
Mycobacterium abscessus complex is a rapid growing non-tuberculous mycobacteria (NTM) and a clinically significant pathogen capable of causing varying infections in humans. It is notoriously difficult to treat due to its inducible resistant state to clarithromycin and intrinsic resistant states to other drugs including rifampicin. Typing schemes for bacterial pathogens provide numerous applications including sourcing an outbreak, identifying cross contamination, chain of transmission and surveillance. However, they either lack or are limited for many NTMs including M. abscessus complex. The current publically available scheme on PubMLST has not been updated in several years and was only able to apply a sequence type to less than half of tested isolates. This project was aimed at creating a workflow for the development of a multi-locus sequence typing (MLST) scheme using whole genome data. A total of 104 genomes and 14 loci were used to build the scheme (including 3 type strains of each of the 3 subspecies). All 7 genes from the PubMLST scheme were incorporated namely, argH, cya, gnd, murC, pta, purH, and rpoB and were expanded by 6, 9, 12, 8, 12, 10, and 8 alleles, respectively. Another 7 novel genes were added including hsp65, erm(41), arr, rrs, rrl, gyrA, and gyrB with 9, 14, 20, 7, 25, 24, 22 alleles, respectively with 62 unique sequence types were identified among all isolates. This scheme can also differentiate M. abscessus complex to the subspecies level on the basis of 3 discriminatory genes and includes 6 genes related to antimicrobial resistance. Â Supplementary information available online at:Â http://ojs.lib.umanitoba.ca/index.php/pmuser/article/view/682/699Â
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».