Molecular analysis of a divergent isolate of <i>Potato virus H</i> from potato reveals novel evolutionary feature of Carlaviruses
Notice bibliographique
Résumé
A new Carlavirus in the family Betaflexiviridae was identified from potato plants showing yellow mosaic symptoms. The full genome of this Carlavirus comprises 8,429 nucleotides which shares the highest nucleotide identity (66.7%) with that of Potato virus H (PVH). The virus is closely related to PVH in the phylogenetic trees constructed based on the deduced amino acid sequences of RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) and coat protein (CP). The CP of the virus had 71.1–73.1% nucleotide and 79.5–82.2% amino acid sequence identities with those of published PVH sequences, whereas the RdRp was distinctly different from PVH isolates, with about 52.5% nucleotide and 66.3% amino acid sequence identities. A highly divergent region underlying strong positive selection was identified in the RdRp coding region of the virus and other carlaviruses as well. We propose that the most conserved replicase domain at the C-terminal of RdRp is more suitable than the full RdRp for sequence-based species demarcation. The virus was classified as a divergent strain of PVH based on the nucleotide and amino acid sequence identities of the CP and replicase domain of the RdRp and similar host range to PHV.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».