Nucleotide diversity patterns at the DREB1 transcriptional factor gene in the genome donor species of wheat (Triticum aestivum L)
Notice bibliographique
Résumé
Bread wheat (AABBDD) originated from the diploid progenitor Triticum urartu (AA), a relative of Aegilops speltoides (BB), and Ae. tauschii (DD). The DREB1 transcriptional factor plays key regulatory role in low-temperature tolerance. The modern breeding strategies resulted in serious decrease of the agricultural biodiversity, which led to a loss of elite genes underlying abiotic stress tolerance in crops. However, knowledge of this gene's natural diversity is largely unknown in the genome donor species of wheat. We characterized the dehydration response element binding protein 1 (DREB1) gene-diversity pattern in Ae. speltoides, Ae. tauschii, T. monococcum and T. urartu. The highest nucleotide diversity value was detected in Ae. speltoides, followed by Ae. tauschii and T. monococcum. The lowest nucleotide diversity value was observed in T. urartu. Nucleotide diversity and haplotype data might suggest no reduction of nucleotide diversity during T. monococcum domestication. Alignment of the 68 DREB1 sequences found a large-size (70 bp) insertion/deletion in the accession PI486264 of Ae. speltoides, which was different from the copy of sequences from other accessions of Ae. speltoides, suggesting a likely existence of two different ancestral Ae. speltoides forms. Implication of sequences variation of Ae. speltoides on origination of B genome in wheat was discussed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».