LncRRIsearch: A Web Server for lncRNA-RNA Interaction Prediction Integrated With Tissue-Specific Expression and Subcellular Localization Data
Notice bibliographique
Résumé
Long non-coding RNAs (lncRNAs) play critical roles in various biological processes, but the function of the majority of lncRNAs is still unclear. One approach for estimating a function of a lncRNA is the identification of its interaction target because functions of lncRNAs are expressed through interaction with other biomolecules in quite a few cases. In this paper, we developed "LncRRIsearch," which is a web server for comprehensive prediction of human and mouse lncRNA-lncRNA and lncRNA-mRNA interaction. The prediction was conducted using RIblast, which is a fast and accurate RNA-RNA interaction prediction tool. Users can investigate interaction target RNAs of a particular lncRNA through a web interface. In addition, we integrated tissue-specific expression and subcellular localization data for the lncRNAs with the web server. These data enable users to examine tissue-specific or subcellular localized lncRNA interactions. LncRRIsearch is publicly accessible at http://rtools.cbrc.jp/LncRRIsearch/.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,017 | 0,017 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».