Quantification of circulating free and circulating tumor DNA in pretreated EGFR mutant NSCLC to inform patient outcomes.
Notice bibliographique
Résumé
9080 Background: EGFR T790M testing is standard of care for EGFR mutant (EGFRm) NSCLC progressing on 1st/2nd generation TKIs to select patients for osimertinib. Circulating free DNA (cfDNA) levels are measured prior to circulating tumour DNA (ctDNA) testing using droplet digital PCR (ddPCR) to measure activating/resistant EGFR mutations. We reviewed cfDNA levels and ctDNA mutational status to determine the influence on patient outcome. Methods: Following extraction of cfDNA from plasma using the QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit, cfDNA levels are measured with a Qubit 2.0 Fluorometer. Custom ddPCR assays were used to test for the appropriate EGFR activating mutation and the EGFR T790M resistance mutation using the Bio-Rad QX200 system. The custom designed ddPCR assays have a limit of detection of < 0.1% variant allele fraction. All patients undergoing ctDNA testing from February-December 2018 were identified. Baseline characteristics and follow up data were collected retrospectively. OS was calculated from date of metastatic diagnosis to death/last follow-up. Results: 142 patients with EGFR mutant adenocarcinoma had EGFR ctDNA testing: results 52% indeterminant, 32% T790M, 16% activating EGFRm only. At the time of testing: median age 66, 64% female, 57% never smokers 53% Asian; systemic treatment (tx) 62% first line only, 25% two lines and 13% ≥ three lines. First TKI therapy: 32% afatanib, 66% gefitinib, 2% erlotinib. Median cfDNA concentration was 5.65 ng/ml (range 0.50-217.72). The 5 yr OS was 72% below cfDNA median and 25% above the median. Tx after ctDNA testing for below and above cfDNA median: 52 vs 33% original TKI, 34 vs 55% osimertinib, 14 vs 12% other systemic tx. Multivariate analysis shows that even accounting for age, sex and ctDNA mutation result, cfDNA concentration remains an independent predictor of outcome (HR 2.36, 95% CI 1.08-5.18, p = 0.032). Conclusions: cfDNA concentration can predict patient outcome in patients with EGFR mutant NSCLC progressing on TKI regardless of ctDNA testing results. Clinicians may consider switching to chemotherapy for patients with high cfDNA and without detectable EGFR T790M ctDNA to avoid missing the window for therapy instead of awaiting repeat EGFR T790M testing
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».