MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2948021440 · doi:10.17605/osf.io/x542s

Hippocampal subfields revealed through unfolding and unsupervised clustering of laminar and morphological features in 3D BigBrain

2019· preprint· en· W2948021440 sur OpenAlexaff
Jordan DeKraker, Kayla M. Ferko, Stefan Köhler, Ali R. Khan, Jonathan C. Lau

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCell Image Analysis Techniques
Établissements canadiensWestern University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCytoarchitectureHippocampal formationNeuroscienceHippocampusNeuroimagingNeocortexBiologyComputer scienceAnatomyArtificial intelligence

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The internal architecture of the hippocampus is challenging to map in detail using traditional histology and in-vivo neuroimaging. This is due, in part, to its complex archicortical folding that is difficult to appreciate in both modalities. Here, we aimed to overcome this challenge by leveraging the unique histological dataset available as open-source 3D BigBrain. Specifically, we investigated the relationship between topology, laminar cytoarchitecture, and detailed morphology with respect to hippocampal subfields and its anterior-posterior axis. Inspired by computational parcellation methods used in the neocortex, we topologically ‘unfolded’ the hippocampus and mapped it with respect to 5 morphological and 10 laminar features. Several features, including thickness, gyrification, and mean neuronal density, clearly differed between subfields. Indeed, data-driven clustering of all features revealed subdivisions which closely resemble manually defined subfields. Some features, most notably gyrification, also showed anterior-posterior differences within subfields, which may relate to connectivity and functional differences described in previous literature. Overall these findings offer quantifiable markers of hippocampal subfields, and provide new anatomical insight into the topology and properties of hippocampal tissue. Future applications could involve translation to in-vivo MRI for probing the internal hippocampal architecture at this mesoscale in cognition and disease.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,077
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,235
Écart entre enseignants0,226 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)Même sujetCell Image Analysis TechniquesTravaux en français237 207