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Enregistrement W2948704538 · doi:10.1371/journal.pgen.1008180

Exome sequencing in multiple sclerosis families identifies 12 candidate genes and nominates biological pathways for the genesis of disease

2019· article· en· W2948704538 sur OpenAlexafffund
Carles Vilariño‐Güell, Alexander Zimprich, Filippo Martinelli Boneschi, Bruno Herculano, Zhe Wang, Fuencisla Matesanz, Elena Urcelay, Koen Vandenbroeck, Laura Leyva, Denis Gris, Charbel Massaad, Jacqueline A. Quandt, Anthony Traboulsee, Mary Joy Encarnacion, Cecily Q. Bernales, Jordan Follett, Irene M. Yee, Maria Criscuoli, Angela Deutschländer, Eva M. Reinthaler, Tobias Zrzavy, Elisabetta Mascia, Andrea Zauli, Federica Esposito, Antonio Alcina, Laura Espino‐Paisán, Jorge Mena, Alfredo Rodríguez Antigüedad, Patricia Urbaneja-Romero, Jesús Ortega-Pinazo, Weihong Song, A. Dessa Sadovnick

Dossier post-publication

NatureExpression of concern
MotifConcerns/Issues about Data;Concerns/Issues about Results and/or Conclusions;Investigation by Journal/Publisher;Objections by Third Party;
Date10/11/2019 0:00
Signalé par OpenAlex ?Non : Retraction Watch le consigne, et OpenAlex ne le signale pas.

Source : Retraction Watch, jointe par DOI. OpenAlex consigne la rétractation dans is_retracted, un booléen sur un espace d'états à au moins quatre valeurs ; il ne peut donc exprimer ni une expression de préoccupation, ni une correction, ni un rétablissement, et les rapporte comme false, ce qui se lit comme « rien à signaler ».

Notice bibliographique

RevuePLoS Genetics · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
Thématiqueinterferon and immune responses
Établissements canadiensUniversité de SherbrookeUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesInstitute of GeneticsInstituto de Salud Carlos IIICanadian Institutes of Health ResearchVancouver Coastal Health Research InstituteMinisterio de Economía y CompetitividadMinistero della SaluteRed Española de Esclerosis MúltipleMichael Smith Health Research BCCanada Research ChairsEuropean Regional Development FundVancouver Foundation
Mots-clésBiologyExome sequencingMultiple sclerosisTREM2GeneticsNeurodegenerationExomeInflammasomeInflammationInnate immune systemMissense mutationGeneImmunologyImmune systemDiseaseMicrogliaMutationMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Multiple sclerosis (MS) is an inflammatory disease of the central nervous system characterized by myelin loss and neuronal dysfunction. Although the majority of patients do not present familial aggregation, Mendelian forms have been described. We performed whole-exome sequencing analysis in 132 patients from 34 multi-incident families, which nominated likely pathogenic variants for MS in 12 genes of the innate immune system that regulate the transcription and activation of inflammatory mediators. Rare missense or nonsense variants were identified in genes of the fibrinolysis and complement pathways (PLAU, MASP1, C2), inflammasome assembly (NLRP12), Wnt signaling (UBR2, CTNNA3, NFATC2, RNF213), nuclear receptor complexes (NCOA3), and cation channels and exchangers (KCNG4, SLC24A6, SLC8B1). These genes suggest a disruption of interconnected immunological and pro-inflammatory pathways as the initial event in the pathophysiology of familial MS, and provide the molecular and biological rationale for the chronic inflammation, demyelination and neurodegeneration observed in MS patients.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,027
Score d'incertitude au seuil0,395

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,068
Tête enseignante GPT0,229
Écart entre enseignants0,161 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations80
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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