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Enregistrement W2948774028 · doi:10.1101/666248

The rapid divergence of the Antarctic crinoid species <i>Promachocrinus kerguelensis</i>

2019· preprint· en· W2948774028 sur OpenAlexfundno aff
Yacine Ben Chehida, Marc Eléaume, Cyril Gallut, Guillaume Achaz

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineEarth and Planetary Sciences
ThématiqueMarine Biology and Ecology Research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesBiominInstitut Polaire Français Paul Emile VictorUniversità degli Studi di GenovaRijksuniversiteit GroningenGovernment of CanadaGenome CanadaOntario GenomicsOntario Genomics InstituteMuséum National d'Histoire NaturelleAlfred P. Sloan Foundation
Mots-clésBiologySpecies complexEcologyBiodiversityAllopatric speciationBiogeographyLineage (genetic)PhylogeographyGeographyPhylogeneticsPopulationPhylogenetic tree

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Climatic oscillations in Antarctica caused a succession of expansion and reduction of the ice sheets covering the continental shelf of the Southern Ocean. For marine invertebrates, these successions are suspected to have driven allopatric speciation, endemism and the prevalence of cryptic species, leading to the so-called Antarctic ‘biodiversity pump’ hypothesis. Here we took advantage of the recent sampling effort influenced by the International Polar Year (2007-8) to test for the validity of this hypothesis for 1,797 samples of two recognized crinoid species: Promachocrinus kerguelensis and Florometra mawsoni . Species delimitation analysis identified seven phylogroups. As previously suggested, Promachocrinus kerguelensis forms a complex of six cryptic species. Conversely, despite the morphological differences, our results show that Florometra mawsoni is a lineage nested within Promachocrinus kerguelensis . It suggests that Florometra mawsoni and Promachocrinus kerguelensis belong to the same complex of species. Furthermore, this study indicates that over time and space the different sectors of the Southern Ocean show a remarkable rapid turn-over in term of phylogroups composition and also of genetic variants within phylogroups. We argue that strong “apparent” genetic drift causes this rapid genetic turn-over. Finally, we dated the last common ancestor of all phylogroups at less than 1,000 years, raising doubts on the relevance of the Antarctic “biodiversity pump” for this complex of species. This work is a first step towards a better understanding of how life is diversifying in the Southern Ocean.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,010

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,202
Écart entre enseignants0,187 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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