Essential gene networks in acute myeloid leukemia identified using a <i>microRNA</i> -knockout CRISPR library screen
Notice bibliographique
Résumé
Abstract MicroRNAs (miRNA) are small RNAs that function as key modulators of gene expression. Due to their promiscuity of binding, a single miRNA may regulate several genes and hence, multiple pathways simultaneously. In addition, the 3’-UTR of mRNA can be recognized by several miRNA for suppression or degradation. We built a mi cro R NA-only K nock- o ut (miRKo) CRISPR/Cas-9 library to identify essential miRNA in Acute Myeloid Leukemia (AML) using OCI-AML2, OCI-AML3 and U937 cell lines as in vitro models. 10 miRNA were identified to be essential in our screen among all three cell lines: miR-19b-1, -19b-2, 29b-2, -302a, -3678, -3713, -3910-1, -4447, -4718 and -6795 . By using weighted degrees of association, we identified pathway hubs that uniquely affect all 3 cell lines by integrating miRNA:mRNA networks using mirDIP and pathway analysis using pathDIP. Through the miRKo screen, network membership analyses and biological anticorrelation scoring through patient data analysis, we identified RRP2CA, RPS6KB-1, CREB1, RPM1A, MAPK10, MAP3K2, ITCH, FBX-W7, NR3C1 and XIAP as likely targets of the essential miRNA in AML; and signal transduction, apoptosis, TGF-beta signalling and MAPK signalling as candidate essential pathways in AML.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».