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Enregistrement W2949245050 · doi:10.1101/062471

Rare copy number variants in <i>NRXN1</i> and <i>CNTN6</i> increase risk for Tourette syndrome

2016· preprint· en· W2949245050 sur OpenAlexaff
Alden Y. Huang, Dongmei Yu, Lea K. Davis, Jae-Hoon Sul, Fotis Tsetsos, Vasily Ramensky, Ivette Zelaya, Eliana Marisa Ramos, Lisa Osiecki, Jason Chen, Lauren M. McGrath, Cornelia Illmann, Paul Sandor, Cathy L. Barr, Marco A. Grados, Harvey S. Singer, Markus M. Nöethen, Johannes Hebebrand, Robert A. King, Yves Dion, Guy A. Rouleau, Cathy L. Budman, Christel Depienne, Yulia Worbe, Andreas Hartmann, Kirsten Müller‐Vahl, Manfred Stuhrmann, H.N. Aschauer, M. Stamenković, Monika Schloegelhofer, Anastasios Konstantinidis, Gholson J. Lyon, William M. McMahon, Csaba Barta, Zsanett Tárnok, Péter Nagy, James R. Batterson, Renata Rizzo, Daniëlle C. Cath, Tomasz Wolańczyk, Cheston M. Berlin, Irene A. Malaty, Michael S. Okun, Douglas W. Woods, Elliott Rees, Carlos N. Pato, Michele T. Pato, James A. Knowles, Daniëlle Posthuma, David L. Pauls, Nancy J. Cox, Benjamin M. Neale, Nelson B. Freimer, Peristera Paschou, Carol A. Mathews, Jeremiah M. Scharf, Giovanni Coppola

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2016
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomic variations and chromosomal abnormalities
Établissements canadiensMcGill UniversityUniversité de MontréalUniversity Health NetworkUniversity of TorontoMontreal Neurological Institute and HospitalToronto Western Hospital
Organismes subventionnairesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Institutes of HealthTourette Association of America
Mots-clésCopy-number variationSNPGenetic architectureTourette syndromeGenome-wide association studyGeneticsBiologySingle-nucleotide polymorphismGenomeBioinformaticsMedicineGeneQuantitative trait locusGenotypePsychiatry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Tourette syndrome (TS) is highly heritable, although identification of its underlying genetic cause(s) has remained elusive. We examined a European ancestry sample composed of 2,435 TS cases and 4,100 controls for copy-number variants (CNVs) using SNP microarrays and identified two genome-wide significant loci that confer a substantial increase in risk for TS ( NRXN1 , OR=20.3, 95%CI [2.6-156.2], p=6.0 × 10 −6 ; CNTN6 , OR=10.1, 95% CI [2.3-45.4], p=3.7 × 10 −5 ). Approximately 1% of TS cases carried one of these CNVs, indicating that rare structural variation contributes significantly to the genetic architecture of TS.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,010

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,200
Écart entre enseignants0,194 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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