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Enregistrement W2949266901 · doi:10.1101/566091

Heterozygous variants in KMT2E cause a spectrum of neurodevelopmental disorders and epilepsy

2019· preprint· en· W2949266901 sur OpenAlexaff
Anne O’Donnell‐Luria, Lynn Pais, Víctor Faùndes, Jordan C. Wood, Abigail Sveden, Victor Luria, Rami Abou Jamra, Andrea Accogli, Kimberly Amburgey, Britt‐Marie Anderlid, Silvia Azzarello‐Burri, Alice Basinger, Claudia Bianchini, Lynn M Bird, Rebecca Buchert, Wilfrid Carré, Sophia Ceulemans, Perrine Charles, Helen Cox, Lisa Culliton, Aurora Currò, Florence Démurger, Bénédicte Duban‐Bedu, Christèle Dubourg, Luis F Escobar, Alessandra Ferrarini, Tobias B. Haack, Mona Hashim, Solveig Heide, Katherine L. Helbig, Ingo Helbig, Raúl Jiménez Heredia, Delphine Héron, Bertrand Isidor, Amy R. Jonasson, Pascal Joset, Boris Keren, Fernando Kok, Hester Y. Kroes, Alinoë Lavillaureix, Xin Lü, Saskia M. Maas, Gustavo Maegawa, Carlo Marcelis, Saga Elise Eiset, Paul R. Mark, Mercelo R Masruha, Heather M. McLaughlin, Kirsty McWalter, Esther U. Melchinger, Saadet Mercimek‐Andrews, Caroline Nava, Manuela Pendziwiat, Richard Person, Gian Paolo Ramelli, Luiza LP Ramos, Anita Rauch, Caitlin Reavey, Angelika Rie szlig, Amarilis Sanchez‐Valle, Shifteh Sattar, Carol J. Saunders, Niklas Schwarz, Thomas Smol, Myriam Srour, Katharina Steindl, Steffen Syrbe, Jenny C Taylor, Aida Telegrafi, Isabelle Thiffault, Doris A. Trauner, Hélio van der Linden, Silvana van Koningsbruggen, Laurent Villard, Ida Vogel, Julie A. Vogt, Yvonne Weber, Ingrid M. Wentzensen, Elysa Widjaja, Jaroslav Žák, Samantha Baxter, Siddharth Banka, Lance H. Rodan

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Rare Diseases
Établissements canadiensHospital for Sick ChildrenMcGill UniversityMcGill University Health Centre
Organismes subventionnairesNational Human Genome Research InstituteComisión Nacional de Investigación Científica y TecnológicaDeutsche ForschungsgemeinschaftNational Institute for Health and Care ResearchChildren's Hospital of Philadelphia
Mots-clésMissense mutationHaploinsufficiencyEpilepsyAutismIntellectual disabilityMicrocephalyMacrocephalyGeneticsAutism spectrum disorderHypotoniaDevelopmental disorderPsychologyBiologyPhenotypeGenePsychiatry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We delineate a KMT2E gene-related neurodevelopmental disorder based on 38 individuals in 36 families. This includes 31 distinct heterozygous variants in the KMT2E gene (28 ascertained from Matchmaker Exchange and 3 previously reported), and 4 individuals with chromosome 7q22.2-22.23 microdeletions encompassing the KMT2E gene (1 previously reported). Almost all variants occurred de novo, and most were truncating. Most affected individuals with protein-truncating variants presented with mild intellectual disability. One-quarter of individuals met criteria for autism. Additional common features include macrocephaly, hypotonia, functional gastrointestinal abnormalities, and a subtle facial gestalt. Epilepsy was present in about one-fifth of individuals with truncating variants, and was responsive to treatment with anti-epileptic medications in almost all. Over 70% of the individuals were male and expressivity was variable by sex, with epilepsy more common in females and autism more common in males. The four individuals with microdeletions encompassing KMT2E generally presented similarly to those with truncating variants, but the degree of developmental delay was greater. The group of four individuals with missense variants in KMT2E presented with the most severe developmental delays. Epilepsy was present in all individuals with missense variants, often manifesting as treatment-resistant infantile epileptic encephalopathy. Microcephaly was also common in this group. Haploinsufficiency versus gain-of-function or dominant negative effects specific to these missense variants in KMT2E may explain this divergence in phenotype, but requires independent validation. Disruptive variants in KMT2E are an under-recognized cause of neurodevelopmental abnormalities.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,199
Écart entre enseignants0,193 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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