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Enregistrement W2949297622 · doi:10.1099/ijsem.0.003520

Glaciihabitans arcticus sp. nov., a psychrotolerant bacterium isolated from Arctic soil

2019· article· en· W2949297622 sur OpenAlexaboutno aff
Ram Hari Dahal, Jaisoo Kim

Notice bibliographique

RevueINTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Phylogenetic Studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiology16S ribosomal RNARhamnosePhylogenetic treeStrain (injury)Bacteriagenomic DNAAlphaproteobacteriaMicrobiologyBotanyBiochemistryMannoseGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A non-motile, Gram-stain-positive, rod-shaped bacterium, designated RP-3-7T, was isolated from soil sampled at the Arctic region in Cambridge Bay, NU, Canada. Cells were strictly aerobic, non-spore-forming, catalase-positive and oxidase-positive. Colonies on Reasoner's 2A agar plates were pale yellow-coloured. Strain RP-3-7T was psychrotolerant and grew optimally at 15–20 °C. Strain RP-3-7T assimilated d-glucose, d-mannitol, l-arabinose and l-proline; tolerated only 0.5 % NaCl (w/v). Phylogenetic analysis based on its 16S rRNA gene sequence revealed that strain RP-3-7T formed a lineage within the family Microbacteriaceae and clustered with members of the genus Glaciihabitans . The closest member was Glaciihabitans tibetensis MP203T (98.26 % sequence similarity). The major respiratory quinone was MK-10. The major polar lipids were diphosphatidylglycerol, phosphatidylglycerol and an unidentified glycolipid. The major cellular fatty acids were anteiso-C15 : 0, iso-C16 : 0, anteiso-C17 : 0 and anteiso-C15 : 1 A. The diagnostic amino acid was 2,4-diaminobutyric acid and whole-cell sugars were xylose, rhamnose and mannose. The DNA G+C content of strain RP-3-7T was 66.9 mol%. The average nucleotide identity and in silico DNA–DNA relatedness values between strain RP-3-7T and Glaciihabitans tibetensis MP203T were 73.79 and 20.1 %, respectively. Based on the polyphasic, genomic and phylogenetic data, strain RP-3-7T represents a novel species of the genus Glaciihabitans , for which the name Glaciihabitans arcticus sp. nov. is proposed. The type strain is RP-3-7T (=KEMB 9005-731T=KACC 21151T=NBRC 113769T).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,897
Score d'incertitude au seuil0,544

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,214
Écart entre enseignants0,208 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations12
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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