T Cell Repertoire Evolution after Allogeneic Bone Marrow Transplantation: An Organizational Perspective
Notice bibliographique
Résumé
High-throughput sequencing (HTS) of human T cell receptors has revealed a high level of complexity in the T cell repertoire, which makes it difficult to correlate T cell reconstitution with clinical outcomes. The associations identified thus far are of a broadly statistical nature, precluding precise modeling of outcomes based on T cell repertoire development following bone marrow transplantation (BMT). Previous work has demonstrated an inherent, mathematically definable order observed in the T cells from a diverse group of donors, which is perturbed in recipients following BMT. In this study, T cell receptor (TCR)-β sequences from HLA-matched related donor and recipient pairs are analyzed to further develop this methodology. TCR-β sequencing from unsorted and sorted T cell subsets isolated from the peripheral blood samples of BMT donors and recipients show conservation and symmetry of VJ segment usage in the clonal frequencies, linked to the organization of the gene segments along the TCR locus. This TCR-β VJ segment translational symmetry is preserved post-transplantation and even in cases of acute graft-versus-host disease (aGVHD), suggesting that GVHD occurrence represents a polyclonal donor T cell response to recipient antigens. The complexity of the repertoire is significantly diminished after BMT, and the T cell clonal hierarchy is altered post-transplantation. Low-frequency donor clones tended to take on a higher rank in the recipients following BMT, especially in patients with aGVHD. Over time, the repertoire evolves to a more donor-like state in the recipients who did not develop GVHD as opposed to those who did. The results presented here support new methods of quantifying and characterizing post-transplantation T cell repertoire reconstitution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».