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Enregistrement W2949512585 · doi:10.1101/259838

Effect of cytochrome CYP2C19 metabolizing activity on antidepressant response and side effects: meta-analysis of data from genome-wide association studies

2018· preprint· en· W2949512585 sur OpenAlexaff
Chiara Fabbri, Katherine E. Tansey, Roy H. Perlis, Joanna Hauser, Neven Henigsberg, Wolfgang Maier, Ole Mors, Anna Placentino, Marcella Rietschel, Daniel Souery, Gerome Breen, Charles Curtis, Sang‐Hyuk Lee, Stephen Newhouse, Hamel Patel, Michael O‘Donovan, Glyn Lewis, Gregory D. Jenkins, Richard M. Weinshilboum, Anne Farmer, Katherine J. Aitchison, Ian Craig, Peter McGuffin, Koen Schruers, Joanna M. Biernacka, Rudolf Uher, Cathryn M. Lewis

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2018
Typepreprint
Langueen
DomainePharmacology, Toxicology and Pharmaceutics
ThématiquePharmacogenetics and Drug Metabolism
Établissements canadiensDalhousie UniversityUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesNational Institutes of HealthKing's College LondonNational Institute for Health and Care ResearchNational Institute of Mental HealthMedical Research CouncilEuropean Federation of Pharmaceutical Industries and AssociationsSouth London and Maudsley NHS Foundation TrustGlaxoSmithKlineEuropean CommissionUniversity of Texas Southwestern Medical CenterPfizer
Mots-clésCYP2C19EscitalopramCitalopramMeta-analysisInternal medicineAntidepressantCYP2D6PharmacogeneticsMedicineSide effect (computer science)PharmacologyCYP3A4GastroenterologyCytochrome P450GenotypeBiologyGeneticsGeneMetabolism

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Cytochrome (CYP) P450 enzymes have a primary role in antidepressant metabolism and variants in these polymorphic genes are targets for pharmacogenetic investigation. This is the first meta-analysis to investigate how CYP2C19 polymorphisms predict citalopram/escitalopram efficacy and side effects. CYP2C19 phenotypes comprise poor metabolizers (PM), intermediate and intermediate+ metabolizers (IM; IM+), extensive and extensive+ metabolizers (EM [wild type]; EM+) and ultra-rapid metabolizers (UM) defined by the two most common CYP2C19 functional polymorphisms (rs4244285 and rs12248560) in Caucasians. These polymorphisms were genotyped or imputed from genome-wide data in four samples treated with citalopram or escitalopram (GENDEP, STAR*D, GenPod, PGRN-AMPS). Treatment efficacy was percentage symptom improvement and remission. Side effect data were available at weeks 2–4, 6 and 9 in three of the investigated samples. A fixed-effects meta-analysis was performed using EM as the reference group. Analysis of 2558 patients for efficacy and 2037 patients for side effects showed that PMs had higher symptom improvement (SMD=0.43, CI=0.19–0.66) and higher remission rates (OR=1.55, CI=1.23–1.96) compared to EMs. At weeks 2–4, PMs showed higher risk of gastro-intestinal (OR=1.26, CI=1.08–1.47), neurological (OR=1.28, CI=1.07–1.53) and sexual side effects (OR=1.52, CI=1.23–1.87; week 6 values similar). No difference was seen at week 9 or in total side effect burden. PMs did not have higher risk of dropout at week 4 compared to EMs. Antidepressant dose was not different among CYP2C19 groups. CYP2C19 polymorphisms may provide helpful information for guiding citalopram/escitalopram treatment, despite PMs are relatively rare among Caucasians (~2%).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,027
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,037
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Méta-analyse · Signal consensuel: Méta-analyse
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,027
Score d'incertitude au seuil0,141

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0270,037
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0040,002
Méta-épidémiologie (sens large)0,0160,067
Bibliométrie0,0050,008
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0040,002
Science ouverte0,0030,002
Intégrité de la recherche0,0030,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,144
Tête enseignante GPT0,415
Écart entre enseignants0,271 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeMéta-analyse
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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