Designer Sinorhizobium meliloti strains and multi-functional vectors enable direct inter-kingdom DNA transfer
Notice bibliographique
Résumé
Storage, manipulation and delivery of DNA fragments is crucial for synthetic biology applications, subsequently allowing organisms of interest to be engineered with genes or pathways to produce desirable phenotypes such as disease or drought resistance in plants, or for synthesis of a specific chemical product. However, DNA with high G+C content can be unstable in many host organisms including Saccharomyces cerevisiae. Here, we report the development of Sinorhizobium meliloti, a nitrogen-fixing plant symbioticα-Proteobacterium, as a novel host that can store DNA, and mobilize DNA to E. coli, S. cerevisiae, and the eukaryotic microalgae Phaeodactylum tricornutum. To achieve this, we deleted the hsdR restriction-system in multiple reduced genome strains of S. meliloti that enable DNA transformation with up to 1.4 x 105 and 2.1 x 103 CFU μg-1 of DNA efficiency using electroporation and a newly developed polyethylene glycol transformation method, respectively. Multi-host and multi-functional shuttle vectors (MHS) were constructed and stably propagated in S. meliloti, E. coli, S. cerevisiae, and P. tricornutum. We also developed protocols and demonstrated direct transfer of these MHS vectors via conjugation from S. meliloti to E. coli, S. cerevisiae, and P. tricornutum. The development of S. meliloti as a new host for inter-kingdom DNA transfer will be invaluable for synthetic biology research and applications, including the installation and study of genes and biosynthetic pathways into organisms of interest in industry and agriculture.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».