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Enregistrement W2949739577 · doi:10.1002/cmdc.201800030

Identifying Small‐Molecule Binding Sites for Epigenetic Proteins at Domain–Domain Interfaces

2018· article· en· W2949739577 sur OpenAlex
David Bowkett, R. Talon, C. Tallant, Chris Schofield, Stefan Knapp, Gordon Bruton, Paul E. Brennan

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.
no affAucune affiliation canadienne : ce travail est invisible pour une base fondée sur la seule affiliation.
Aucune affiliation canadienne. Une base fondée sur la seule affiliation (le devis habituel) n'aurait jamais vu ce travail. C'est l'un des travaux qui justifient l'inversion de la base.

Notice bibliographique

RevueChemMedChem · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProtein Degradation and Inhibitors
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesH2020 European Research CouncilEshelman Institute for Innovation, University of North Carolina at Chapel HillOntario Ministry of Economic Development and InnovationWellcome TrustEuropean Federation of Pharmaceutical Industries and AssociationsAbbVieTakeda Pharmaceutical CompanyDiamond Light SourceBoehringer IngelheimJanssen PharmaceuticalsMerck KGaAMerckBayerFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São PauloGenome CanadaNovartis PharmaCanada Foundation for InnovationNovartisPfizer
Mots-clésBromodomainEpigeneticsComputational biologyDomain (mathematical analysis)Small moleculeHistonePHD fingerDrug discoveryBinding siteBiologyChemistryBiophysicsGeneticsBioinformaticsGeneZinc fingerTranscription factor

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Epigenetics is a rapidly growing field in drug discovery. Of particular interest is the role of post-translational modifications to histones and the proteins that read, write, and erase such modifications. The development of inhibitors for reader domains has focused on single domains. One of the major difficulties of designing inhibitors for reader domains is that, with the notable exception of bromodomains, they tend not to possess a well-enclosed binding site amenable to small-molecule inhibition. As many of the proteins in epigenetic regulation have multiple domains, there are opportunities for designing inhibitors that bind at a domain-domain interface which provide a more suitable interaction pocket. Examination of X-ray structures of multiple domains involved in recognising and modifying post-translational histone marks using the SiteMap algorithm identified potential binding sites at domain-domain interfaces. For the tandem plant homeodomain-bromodomain of SP100C, a potential inter-domain site identified computationally was validated experimentally by the discovery of ligands by X-ray crystallographic fragment screening.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,030
Score d'incertitude au seuil0,962

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,032
Tête enseignante GPT0,279
Écart entre enseignants0,247 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle