The complex geography of domestication of the African rice Oryza glaberrima
Notice bibliographique
Résumé
While the domestication history of Asian rice has been extensively studied, details of the evolution of African rice remain elusive.The inner Niger delta has been suggested as the center of origin but molecular data to support this hypothesis is lacking.Here, we present a comprehensive analysis of the evolutionary and domestication history of African rice.By analyzing whole genome re-sequencing data from 282 individuals of domesticated African rice Oryza glaberrima and its progenitor O. barthii, we hypothesize a non-centric (i.e.multiregional) domestication origin for African rice.Our analyses showed genetic structure within O. glaberrima that has a geographical association.Furthermore, we have evidence that the previously hypothesized O. barthii progenitor populations in West Africa have evolutionary signatures similar to domesticated rice and carried causal domestication mutations, suggesting those progenitors were either mislabeled or may actually represent feral wilddomesticated hybrids.Phylogeographic analysis of genes involved in the core domestication process suggests that the origins of causal domestication mutations could be traced to wild progenitors in multiple different locations in West and Central Africa.In addition, measurements of panicle threshability, a key early domestication trait for seed shattering, were consistent with the gene phylogeographic results.We suggest seed non-shattering was selected from multiple genotypes, possibly arising from different geographical regions.Based on our evidence, O. glaberrima was not domesticated from a single centric location but was a result of diffuse process where multiple regions contributed key alleles for different domestication traits. Author summaryFor many crops it is not clear how they were domesticated from their wild progenitors.Transition from a wild to domesticated state required a series of genetic changes, and studying the evolutionary origin of these domestication-causing mutations are key to understanding the domestication origins of a crop.Moreover, population comparisons provide insight into the relationship between wild and cultivated populations and the
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».