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Enregistrement W2949800402 · doi:10.1038/s41431-019-0455-9

Sex specific associations in genome wide association analysis of renal cell carcinoma

2019· review· en· W2949800402 sur OpenAlexaff
Ruhina Shirin Laskar, David C. Muller, Peng Li, Mitchell J. Machiela, Yuanqing Ye, Valérie Gaborieau, Matthieu Foll, Jonathan N. Hofmann, Leandro M. Colli, Joshua N. Sampson, Zhaoming Wang, Delphine Bacq‐Daian, Anne Boland, Behnoush Abedi‐Ardekani, Geoffroy Durand, Florence Le Calvez‐Kelm, Nivonirina Robinot, Hélène Blanché, Egor Prokhortchouk, K. G. Skryabin, Laurie Burdett, Meredith Yeager, Sanja Radojević-Škodrić, Slaviša Savić, Lenka Foretová, Ivana Holcátová, Vladimí­r Janout, Dana Mateș, Ștefan Rașcu, Anush Mukeria, Давид Заридзе, Vladimír Bencko, Cezary Cybulski, Eleonóra Fabiánová, Viorel Jinga, Jolanta Lissowska, Jan Lubiński, Marie Navrátilová, Péter Rudnai, Beata Świątkowska, Simone Benhamou, Géraldine Cancel‐Tassin, Olivier Cussenot, Antonia Trichopoulou, Elio Ríboli, Kim Overvad, Salvatore Panico, Börje Ljungberg, Raviprakash T. Sitaram, Graham G. Giles, Roger L. Milne, Gianluca Severi, Fiona Bruinsma, Tony Fletcher, Kvetoslava Koppová, Susanna C. Larsson, Alicja Wolk, Rosamonde E. Banks, Peter J. Selby, Douglas F. Easton, Paul D.P. Pharoah, Gabriella Andreotti, Laura E. Beane Freeman, Stella Koutros, Demetrius Albanes, Satu Männistö, Stephanie J. Weinstein, Peter E. Clark, Todd L. Edwards, Loren Lipworth, Hallie Carol, Matthew L. Freedman, Mark M. Pomerantz, Eunyoung Cho, Peter Kraft, Mark A. Preston, Kathryn M. Wilson, J. Michael Gaziano, Howard D. Sesso, Amanda Black, Neal D. Freedman, Wen‐Yi Huang, John Anema, Richard J. Kahnoski, Brian R. Lane, Sabrina L. Noyes, David Petillo, Bin Tean Teh, Ulrike Peters, Emily White, Garnet L. Anderson, Lisa Johnson, Juhua Luo, Wong‐Ho Chow, Lee E. Moore, Toni K. Choueiri, Christopher G. Wood, Mattias Johansson, James McKay, Kevin M. Brown, Nathaniel Rothman, Mark G. Lathrop, Jean‐François Deleuze, Xifeng Wu, Paul Brennan, Stephen J. Chanock, Mark P. Purdue, Ghislaine Scélo

Notice bibliographique

RevueEuropean Journal of Human Genetics · 2019
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueRenal cell carcinoma treatment
Établissements canadiensMcGill University and Génome Québec Innovation Centre
Organismes subventionnairesUniversity of Texas MD Anderson Cancer CenterMinisterstvo Zdravotnictví Ceské RepublikyDuncan Family Institute for Cancer Prevention and Risk AssessmentNational Institute for Health and Care ResearchNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthU.S. Department of Health and Human ServicesCancer Research UKWorld Health Organization
Mots-clésRenal cell carcinomaBiologyGenome-wide association studyGeneticsGenetic associationOncologyInternal medicineComputational biologyMedicineSingle-nucleotide polymorphismGeneGenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Renal cell carcinoma (RCC) has an undisputed genetic component and a stable 2:1 male to female sex ratio in its incidence across populations, suggesting possible sexual dimorphism in its genetic susceptibility. We conducted the first sex-specific genome-wide association analysis of RCC for men (3227 cases, 4916 controls) and women (1992 cases, 3095 controls) of European ancestry from two RCC genome-wide scans and replicated the top findings using an additional series of men (2261 cases, 5852 controls) and women (1399 cases, 1575 controls) from two independent cohorts of European origin. Our study confirmed sex-specific associations for two known RCC risk loci at 14q24.2 (DPF3) and 2p21(EPAS1). We also identified two additional suggestive male-specific loci at 6q24.3 (SAMD5, male odds ratio (ORmale) = 0.83 [95% CI = 0.78-0.89], Pmale = 1.71 × 10−8 compared with female odds ratio (ORfemale) = 0.98 [95% CI = 0.90–1.07], Pfemale = 0.68) and 12q23.3 (intergenic, ORmale = 0.75 [95% CI = 0.68-0.83], Pmale = 1.59 × 10−8 compared with ORfemale = 0.93 [95% CI = 0.82–1.06], Pfemale = 0.21) that attained genome-wide significance in the joint meta-analysis. Herein, we provide evidence of sex-specific associations in RCC genetic susceptibility and advocate the necessity of larger genetic and genomic studies to unravel the endogenous causes of sex bias in sexually dimorphic traits and diseases like RCC.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,451
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,002
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,075
Tête enseignante GPT0,302
Écart entre enseignants0,227 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations45
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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