Towards reliable named entity recognition in the biomedical domain
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
MOTIVATION: Automatic biomedical named entity recognition (BioNER) is a key task in biomedical information extraction. For some time, state-of-the-art BioNER has been dominated by machine learning methods, particularly conditional random fields (CRFs), with a recent focus on deep learning. However, recent work has suggested that the high performance of CRFs for BioNER may not generalize to corpora other than the one it was trained on. In our analysis, we find that a popular deep learning-based approach to BioNER, known as bidirectional long short-term memory network-conditional random field (BiLSTM-CRF), is correspondingly poor at generalizing. To address this, we evaluate three modifications of BiLSTM-CRF for BioNER to improve generalization: improved regularization via variational dropout, transfer learning and multi-task learning. RESULTS: We measure the effect that each strategy has when training/testing on the same corpus ('in-corpus' performance) and when training on one corpus and evaluating on another ('out-of-corpus' performance), our measure of the model's ability to generalize. We found that variational dropout improves out-of-corpus performance by an average of 4.62%, transfer learning by 6.48% and multi-task learning by 8.42%. The maximal increase we identified combines multi-task learning and variational dropout, which boosts out-of-corpus performance by 10.75%. Furthermore, we make available a new open-source tool, called Saber that implements our best BioNER models. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: Source code for our biomedical IE tool is available at https://github.com/BaderLab/saber. Corpora and other resources used in this study are available at https://github.com/BaderLab/Towards-reliable-BioNER. SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle