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Enregistrement W2950116473 · doi:10.1101/678680

Inorganic salts and compatible solutes help mesophilic bacteria inhabit the high temperature waters of a Trans-Himalayan sulfur-borax spring

2019· preprint· en· W2950116473 sur OpenAlexfundno aff
Nibendu Mondal, Chayan Roy, Aditya Peketi, Masrure Alam, Tarunendu Mapder, Subhrangshu Mandal, Svetlana Fernandes, Sabyasachi Bhattacharya, Moidu Jameela Rameez, Prabir Kumar Haldar, Samida P. Volvoikar, Nilanjana Nandi, Tannisha Bhattacharya, Aninda Mazumdar, Ranadhir Chakraborty, Wriddhiman Ghosh

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueMicrobial Community Ecology and Physiology
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesScience and Engineering Research BoardBose InstituteUniversity of BurdwanQueen's UniversityUniversity Grants CommissionQueen's University BelfastUniversity of North BengalUniversity of Connecticut
Mots-clésHot springSulfurEnvironmental chemistryMicrobial matContext (archaeology)SulfateBoraxExtreme environmentSpring (device)ThermophileChemistryEcologyBiologyBacteria

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract While geographically-/geologically-distinct hot springs harbor different levels of microbial diversity, some of them encompass several such taxa which have no strain reported for laboratory growth at >45°C. We, therefore, hypothesized that native geomicrobial factors could be potent determinants of the microbial habitability of hot spring environments. To test this hypothesis, aquatic microbial communities were revealed metataxonomically, and considered in the context of spring-water chemistry, along the 85-14°C hydrothermal gradient of a sulfur-boron spring named Lotus Pond located at 4,436 m, within the Puga geothermal area of the Indian Trans-Himalayan region of Ladakh. Water samples were studied from four distinct sites along Lotus Pond ’s spring-water transit from the vent to an adjacent river called Rulang . Insinuations obtained from geomicrobiological data were tested via pure-culture growth experiments in habitat-inspired media. Microbial diversities were found to be high at all the sample-sites; majority of the genera identified at the 70-85°C sites were found to have no report of laboratory growth at >45°C; concurrently, these sample-sites had high concentrations of the kosmotropic solutes boron, lithium, sodium, sulfide, thiosulfate and sulfate, which are known to biophysically stabilize macromolecules. Based on the universal thermodynamic status of these solutes, we conjectured that they may be instrumental in helping mesophiles withstand high in situ temperatures. Corroboratively, growth experiments with a mesophilic, 80°C-isolate, Paracoccus SMMA_5 showed that at 50°C and 70°C, depending on the incubation-time, lithium/boron/sulfate/sodium/glycine-betaine either increases the number of colony-forming units present in the culture or arrests decline of the same. Incubations at 70°C, followed by fluorescein diacetate staining and flow cytometry, showed that these solutes keep more cells under viable condition than in ready-to-divide state. We concluded that kosmotropes and compatible solutes help mesophiles overcome the chaotropic effects of heat by augmenting such indigenous, entropy-minimizing biophysical mechanisms that apparently trade-off cell division for cell viability.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,009
Score d'incertitude au seuil0,019

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,186
Écart entre enseignants0,178 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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