Copy Number Variation Analysis of 100 Twin Pairs Enriched for Neurodevelopmental Disorders
Notice bibliographique
Résumé
Hundreds of penetrant risk loci have been identified across different neurodevelopmental disorders (NDDs), and these often involve rare (<1% frequency) copy number variations (CNVs), which can involve one or more genes. Monozygotic (MZ) twin pairs are long thought to share 100% of their genomic information. However, genetic differences in the form of postzygotic somatic variants have been reported recently both in typically developing (TD) and in clinically discordant MZ pairs. We sought to investigate the contribution of rare CNVs in 100 twin pairs enriched for NDD phenotypes with a particular focus on postzygotic CNVs in MZ pairs discordant for autism spectrum disorder (ASD) using the Illumina Infinium PsychArray. In our sample, no postzygotic de novo CNVs were found in 55 MZ twin pairs, including the 13 pairs discordant for ASD. We did detect a higher rate of CNVs overlapping genes involved in disorders of the nervous system, such as a rare deletion affecting HNRNPU, in MZ pairs discordant and concordant for ASD in comparison with TD pairs (p = .02). Our results are in concordance with earlier findings that postzygotic de novo CNV events are typically rare in genomic DNA derived from saliva or blood, and suggests that the discordance of NDDs in our sample of twins is not explained by discordant CNVs. Still, studies investigating postzygotic variation in MZ discordant twins using DNA from different tissues and single cells and higher resolution genomics are needed in the future.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».