Genome Sequencing Links Persistent Outbreak of Legionellosis in Sydney (New South Wales, Australia) to an Emerging Clone of Legionella pneumophila Sequence Type 211
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT The city of Sydney, Australia, experienced a persistent outbreak of Legionella pneumophila serogroup 1 (Lp1) pneumonia in 2016. To elucidate the source and guide public health actions, the genomes of clinical and environmental Lp1 isolates recovered over 7 weeks were examined. A total of 48 isolates from human cases and cooling towers were sequenced and compared using single-nucleotide polymorphism (SNP)-based core-genome multilocus sequencing typing (MLST) and pangenome approaches. All three methods confirmed phylogenetic relatedness between isolates associated with outbreaks in the Central Business District (CBD) in March and May and those in suburb 1. These isolates were designated the “main cluster” and consisted of isolates from two patients from the CBD March outbreak, one patient and one tower isolate from suburb 1, and isolates from two cooling towers and three patients from the CBD May outbreak. All main cluster isolates were sequence type 211 (ST211), which previously has only been reported in Canada. Significantly, pangenome analysis identified mobile genetic elements containing a unique type IV A F-type secretion system (T4ASS), which was specific to the main cluster, and cocirculating clinical strains, suggesting a potential mechanism for increased fitness and persistence of the outbreak clone. Genome sequencing enabled linking of the geographically dispersed environmental sources of infection among the spatially and temporally coinciding cases of legionellosis in a highly populated urban setting. The discovery of a unique T4ASS emphasizes the role of genome recombination in the emergence of successful Lp1 clones. IMPORTANCE A new emerging clone has been responsible for a prolonged legionellosis outbreak in Sydney, Australia. The use of whole-genome sequencing linked two outbreaks thought to be unrelated and confirmed the outliers. These findings led to the resampling and subsequent identification of the source, guiding public health actions and bringing the outbreak to a close. Significantly, the outbreak clone was identified as sequence type 211 (ST211). Our study reports this ST in the Southern Hemisphere and presents a description of ST211 genomes from both clinical and environmental isolates. A unique mobile genetic element containing a type IV secretion system was identified in Lp1 ST211 isolates linked to the main cluster and Lp1 ST42 isolates that were cocirculating at the time of the outbreak.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».