GLORY: Generator of the Structures of Likely Cytochrome P450 Metabolites Based on Predicted Sites of Metabolism
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Computational prediction of xenobiotic metabolism can provide valuable information to guide the development of drugs, cosmetics, agrochemicals, and other chemical entities. We have previously developed FAME 2, an effective tool for predicting sites of metabolism (SoMs). In this work, we focus on the prediction of the chemical structures of metabolites, in particular metabolites of xenobiotics. To this end, we have developed a new tool, GLORY, which combines SoM prediction with FAME 2 and a new collection of rules for metabolic reactions mediated by the cytochrome P450 enzyme family. GLORY has two modes: MaxEfficiency and MaxCoverage. For MaxEfficiency mode, the use of predicted SoMs to restrict the locations in the molecule at which the reaction rules could be applied was explored. For MaxCoverage mode, the predicted SoM probabilities were instead used to develop a new scoring approach for the predicted metabolites. With this scoring approach, GLORY achieves a recall of 0.83 and can predict at least one known metabolite within the top three ranked positions for 76% of the molecules of a new, manually curated test set. GLORY is freely available as a web server at https://acm.zbh.uni-hamburg.de/glory/, and the datasets and reaction rules are provided in the Supplementary Material.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle