EukRef: Phylogenetic curation of ribosomal RNA to enhance understanding of eukaryotic diversity and distribution
Notice bibliographique
Résumé
Environmental sequencing has greatly expanded our knowledge of micro-eukaryotic diversity and ecology by revealing previously unknown lineages and their distribution. However, the value of these data is critically dependent on the quality of the reference databases used to assign an identity to environmental sequences. Existing databases contain errors and struggle to keep pace with rapidly changing eukaryotic taxonomy, the influx of novel diversity, and computational challenges related to assembling the high-quality alignments and trees needed for accurate characterization of lineage diversity. EukRef (eukref.org) is an ongoing community-driven initiative that addresses these challenges by bringing together taxonomists with expertise spanning the eukaryotic tree of life and microbial ecologists, who use environmental sequence data to develop reliable reference databases across the diversity of microbial eukaryotes. EukRef organizes and facilitates rigorous mining and annotation of sequence data by providing protocols, guidelines, and tools. The EukRef pipeline and tools allow users interested in a particular group of microbial eukaryotes to retrieve all sequences belonging to that group from International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) (GenBank, the European Nucleotide Archive [ENA], or the DNA DataBank of Japan [DDBJ]), to place those sequences in a phylogenetic tree, and to curate taxonomic and environmental information for the group. We provide guidelines to facilitate the process and to standardize taxonomic annotations. The final outputs of this process are (1) a reference tree and alignment, (2) a reference sequence database, including taxonomic and environmental information, and (3) a list of putative chimeras and other artifactual sequences. These products will be useful for the broad community as they become publicly available (at eukref.org) and are shared with existing reference databases.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,010 | 0,016 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,009 | 0,009 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,015 | 0,029 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».