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Enregistrement W2950979161 · doi:10.1111/1467-9566.12970

Genomic expertise in action: molecular tumour boards and decision‐making in precision oncology

2019· article· en· W2950979161 sur OpenAlexafffund
Pascale Bourret, Alberto Cambrosio

Notice bibliographique

RevueSociology of Health & Illness · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer Genomics and Diagnostics
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchInstitut National Du Cancer
Mots-clésPrecision medicineAction (physics)InterfacingSet (abstract data type)Precision oncologyMolecular diagnosticsClinical trialGenomic informationMedicineComputational biologyData scienceComputer scienceBioinformaticsBiologyInternal medicineGeneticsPathologyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The recent development of cancer precision medicine is associated with the emergence of 'molecular tumour boards' (MTBs). Attended by a heterogenous set of practitioners, MTBs link genomic platforms to clinical practices by establishing 'actionable' connections between drugs and molecular alterations. Their activities rely on a number of evidential resources - for example databases, clinical trial results, basic knowledge about mutations and pathways - that need to be associated with the clinical trajectory of individual patients. Experts from various domains are required to master and align diverse kinds of information. However, rather than examining MTBs as an institution interfacing different kinds of expertise embedded in individual experts, we argue that expertise is the emergent outcome of MTBs, which can be conceptualised as networks or 'agencements' of humans and devices. Based on the ethnographic analysis of the activities of four clinical trial MTBs (three in France and an international one) and of two French routine-care MTBs, the paper analyses how MTBs produce therapeutic decisions, centring on the new kind of expertise they engender. The development and activities of MTBs signal a profound transformation of the evidentiary basis and processes upon which biomedical expertise and decision-making in oncology are predicated and, in particular, the emergence of a clinic of variants.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,023
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,026
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesÉtudes des sciences et des technologies
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Qualitatif · Signal consensuel: Qualitatif
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,990
Score d'incertitude au seuil0,123

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0230,026
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0100,049
Communication savante0,0090,008
Science ouverte0,0010,008
Intégrité de la recherche0,0030,004
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,342
Écart entre enseignants0,327 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeQualitatif
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations31
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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