Energetics of Protein Thermodynamic Cooperativity: Contributions of Local and Nonlocal Interactions
Notice bibliographique
Résumé
The respective roles of local and nonlocal interactions in the thermodynamic cooperativity of proteins are investigated using continuum (off-lattice) native-centric Gō-like models with a coarse-grained C$_α$ chain representation. We study a series of models in which the (local) bond- and torsion-angle terms have different strengths relative to the (nonlocal) pairwise contact energy terms. Conformational distributions in these models are sampled by Langevin dynamics. Thermodynamic cooperativity is characterized by the experimental criteria requiring the van't Hoff to calorimetric enthalpy ratio $ΔH_{\rm vH}/ΔH_{\rm cal}\approx 1$ (the calorimetric criterion), as well as a two-state-like variation of the average radius of gyration upon denaturation. We find that both local and nonlocal interactions are critical for thermodynamic cooperativity. Chain models with either much weakened local conformational propensities or much weakened favorable nonlocal interactions are significantly less cooperative than chain models with both strong local propensities and strong favorable nonlocal interactions. These findings are compared with results from a recently proposed lattice model with a local-nonlocal coupling mechanism; their relationship with experimental measurements of protein cooperativity and chain compactness is discussed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».