The Global Omics Observatory Network: Shaping standards for long-term molecular observation
Notice bibliographique
Résumé
Founded in early 2018 through a collaboration between the EU Horizon 2020 AtlantOS project and Agriculture and Agri-Food Canada, the Global Omics Observatory Network (GLOMICON) is federating long-term ecological observatories employing "omic" (e.g. metagenomcis, metatranscriptomics, metabolomics) techniques to assess biodiversity across scales. GLOMICON is the consolidation of a series of meetings and ad hoc efforts (e.g. the multi-omic sessions at TDWG 2017) and seeks to mainstream multi-omic observation in existing observatory systems. GLOMICON currently networks >40 organisations observing biodiversity from urban and agricultural systems to the depths of the polar ocean. Coordination through GLOMICON allows the long-term observatory community to develop and align their needs, thus approaching standards bodies including the Genomic Standards Consortium (GSC), the Biodiversity Information Standards (TDWG) organisation, and the Earth Science Information Partners (ESIP) with a common voice. Further, as more ecological observatories begin to adopt molecular techniques, GLOMICON offers a community building best practices to facilitate their operationalisation. Vitally, GLOMICON interfaces with established observation networks via organisations such as UNESCO/IOC Global Ocean Observing System through its Biology and Ecosystems Panel. Such interactions have provided invaluable guidance on how to approach global standardisation in a firmly operational and multi-stakeholder environment, while ensuring innovative science can thrive. In this contribution, we will deliver a briefing on GLOMICON's current priorities and efforts to shape molecular standards to become fit-for-purpose in observatory-grade settings. In particular, we will focus on our interactions with other key omic observing networks, including the Genomic Observatories Network, and our joint strategies to progress towards an distributed yet integrated system. We will also note practical steps the network has taken to systematise protocols and best practices, (bio)informatics routines, observatory parameters, and global intercalibration through sample exchange. Lastly, we will note the network's upcoming priorities, which feature the need to develop strategies for sustainability and the extension of coordination efforts between national, regional, and global Earth observation systems.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,190 | 0,120 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,007 | 0,008 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,010 |
| Communication savante | 0,012 | 0,019 |
| Science ouverte | 0,008 | 0,018 |
| Intégrité de la recherche | 0,007 | 0,012 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».