Dark period transcriptomic and metabolic profiling of two diverse <i>Eutrema salsugineum</i> accessions
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Eutrema salsugineum is a model species for the study of plant adaptation to abiotic stresses. Two accessions of E. salsugineum , Shandong ( SH ) and Yukon ( YK ), exhibit contrasting morphology and biotic and abiotic stress tolerance. Transcriptome profiling and metabolic profiling from tissue samples collected during the dark period were used to investigate the molecular and metabolic bases of these contrasting phenotypes. RNA sequencing identified 17,888 expressed genes, of which 157 were not in the published reference genome, and 65 of which were detected for the first time. Differential expression was detected for only 31 genes. The RNA sequencing data contained 14,808 single nucleotide polymorphisms ( SNP s) in transcripts, 3,925 of which are newly identified. Among the differentially expressed genes, there were no obvious candidates for the physiological or morphological differences between SH and YK . Metabolic profiling indicated that YK accumulates free fatty acids and long‐chain fatty acid derivatives as compared to SH , whereas sugars are more abundant in SH . Metabolite levels suggest that carbohydrate and respiratory metabolism, including starch degradation, is more active during the first half of the dark period in SH . These metabolic differences may explain the greater biomass accumulation in YK over SH . The accumulation of 56% of the identified metabolites was lower in F 1 hybrids than the mid‐parent averages and the accumulation of 17% of the metabolites in F 1 plants transgressed the level in both parents. Concentrations of several metabolites in F 1 hybrids agree with previous studies and suggest a role for primary metabolism in heterosis. The improved annotation of the E. salsugineum genome and newly identified high‐quality SNP s will permit accelerated studies using the standing variation in this species to elucidate the mechanisms of its diverse adaptations to the environment.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».