A duplex ddPCR assay for simultaneously detecting <i>Ips sexdentatus</i> and <i>Ips typographus</i> (Coleoptera: Curculionidae) in bulk trap samples
Notice bibliographique
Résumé
Bark beetles in the family Curculionidae present a growing hazard to forests worldwide. Like native bark beetles, introduced exotic species can pose a serious threat to North American forests. Ips typographus (Boerner) and Ips sexdentatus (Linnaeus), both native to Europe, are two such pests that have caused widespread forest loss in their native ranges. International trade has led to increased interceptions of Scolytine beetles at ports of entry to the United States. Most intercepted individuals are not identified to species due to lack of expert identifiers, poor specimen quality, or incomplete taxonomy. These same problems affect identification for domestic surveys. Therefore, development of molecular methods for identification of potentially invasive Ips species is essential. Because of the need to scrutinize large numbers of beetles in an efficient manner, we describe a duplex droplet digital PCR (ddPCR) assay to identify I. typographus and I. sexdentatus simultaneously in bulk trap samples containing 500 Scolytinae specimens using a scalable, two-step DNA extraction. This ddPCR method is highly effective for processing the entire contents of beetle traps and identifying these potentially invasive species in a timely and definitive manner. We also describe a nondestructive DNA extraction technique that preserves specimens for morphological identification.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».